真可对于佛教各宗的思想采取调和的态度。他所订的〈礼佛仪式〉（见《紫柏尊者别集》卷四），除发愿礼拜十方三世一切诸佛外，还教人礼拜西天东土历代传宗判教并翻传秘密章句诸祖，这是他调和诸宗思想的具体表现。
真可喜拈〈毗舍浮佛偈〉教人，有时则教人持诵半偈。所谓‘假借四大以为身，心本无生因境有；前境若无心亦无，罪福如幻起亦灭’（〈毗舍浮佛颂说示如裴〉）。他的僧俗弟子很多，从他问道的人士有陆左、冯梦祯、瞿汝稷、王肯堂等。瞿汝稷通内外学，著有《指月录》三十二卷，王肯堂为著名医学大家，著有《成唯识论证义》十卷等。
真可一生参叩诸方尊宿，但他并没有专一的师承。他在祭北京法通寺遍融的文中说︰‘余往来遍老之门，观其动履，冥启予多矣。……予于遍老之门，未敢言嗣。若所谓德，则此老启迪不浅，焉敢忘之！’
真可虽到处兴修古刹，而从未受请担任寺院住持，所以没有‘上堂’、‘普说’。他只是随缘接引，略说法语而已。他与当时一般排斥文字的禅僧不同，而极重视文字经教。他认为佛弟子不通文字般若，即不得观照般若，不能契会实相般若。他不同意悟道只依靠禅家机缘及念佛求生净土等说法，曾列举盲眼师资七大错误，一一加以辩难（《紫柏全集》卷三〈法语〉）。德清称他的宗风足以远追临济，上接大慧（〈达观大师塔铭〉），可见真可在明末佛教界的名望。
17岁到苏州虎丘云岩寺出家，拜虎丘僧明觉为师，闭户读书。20岁受具足戒后，广研经教。对修寺、刻经，颇有业绩。始自楞严寺，终至云居寺，复兴梵刹计15所。万历七年（1579），他为流通大藏，谋易梵 为方册。万历十七年，方册藏始刻于五台山，4年后，南迁至浙江径山，其门人如奇等主持其事，贮藏经版于化城寺。他提倡发愿礼拜十方三世一切佛法僧和西天东土历代传宗判教，并翻传秘密章句诸祖菩萨等，对佛教采取各宗并重的态度。明末阉党专权，横征暴敛，民不聊生。万历二十八年南康（今江西星子、永修等县地）太守吴宝秀奋起抗税，被捕下狱，其妻陈氏哀愤自尽。真可闻讯即赴京师护吴，触怒阉党权贵。随后，被诬造作“妖书”（谎传神宗改立太子）下狱。万历三十一年卒于狱中。徒众将其遗骸浮葬于京西，后移至浙江径山寂照庵，再迁到大慧塔后的文殊台，万历四十四年荼毗立塔。生平律身至严，一衲无余。