本文起始既紧扣作亭之缘起，而后宕开笔墨写孙莘老泽惠百姓的政绩，然后才归入正题，发挥议论，推衍出“知命者，必尽人事，然后理足而无憾”的道理，并进而言及养生与治国之道。 文章从小题目引出大议论，立意高远，富于哲理。
这篇记文一共分为三段。
第一段点题，记孙莘老建墨妙亭的时间、地点和用意，“取凡境内自汉以来古文遗刻以实之”。也就是诗中所写的“吴兴太守真好古，购买断缺挥缣缯”。孙莘老喜好书画金石，所以不惜花大钱购买古代碑刻，以藏于墨妙亭中。
第二段记述孙莘老搜罗碑刻用力之勤，但不是平铺直叙，而是层层转折，跌宕起伏。第一层写已往的吴兴太守向来政务悠闲。因为其地“山水清远”，其民“寡求而不争”，外地客人“非特有事于其地不至焉”。社会安定，民事不多，宾客少有，清静无为，“故凡守郡者，率以风流啸咏、投壶饮酒为事”。真是悠悠岁月，其乐无穷。如此悠闲之地，孙莘老自然有充余时间去搜罗碑刻了。
第二层，忽然宕开一笔，写孙莘老勤政爱民、抗洪救灾： “自莘老之至，而岁适大水，上田皆不登，湖人大饥，将相率亡去。莘老大振廪劝分，躬自抚循劳来，出于至诚。”奔波以救灾民，无暇而顾碑刻。又加之朝中正推行新法，使者频繁往来“以为莘老当日夜治文书，赴期会，不能复雍容自得如故事”。这一层转折使文章顿起波澜，跌宕多姿。这是以退求进、欲擒故纵的写法，起到了有力的衬托作用。
第三层，又一转折，归到正题：“而莘老益喜宾客，赋诗饮酒作乐，又以其余暇，网罗遗逸，得前人赋咏数百篇，以为《吴兴新集》，其刻画尚存而僵仆断缺于荒陂野草之间者，又皆集于此亭。”莘老在政事之余，尽力搜罗前人诗赋、碑刻。凡是尚存文字的碑刻，即使被抛在荒坡野草之间、僵仆的、断缺的均一概收罗无遗，“皆集于此亭”，照应前文“取凡境内自汉以来故遗刻以实之”的记述中心，写出孙莘老好古之心切，搜罗之勤奋。苏轼至湖州，见到这些碑刻“周览叹息”，坚硬之碑刻尚且断缺，令人叹息。这句承上启下，由断缺的碑刻引出第三段的议论。
“或以谓余，凡有物必归于尽，而恃形以为固者，尤不可长，虽金石之坚，俄而变坏，至于功名文章，其传世垂后，乃为差久，今乃以此托于彼，是久存者反求助于速坏。”“物必归于尽”一句，画龙点睛，是全文的主旨。一切事物都要归于消亡，依靠自己形体坚固的物体，更是不能长久。即使是坚硬的石碑，很快也会毁坏。相比之下，功名文章流传后世，倒是长久的。把文章刻在石碑上，想长久流传，乃适得其反，“是存者反求助于速坏”。这已经是前人的胡涂，孙莘老建亭以藏碑刻，“其无乃几于不知命也夫”。作者认为莘老的作法是“不知命”。孙莘老不知命，指他不知天命，即不知道自然界和人类社会的规律。“余以为知命者，必尽人事，然后理足无憾。物之有成必有败，譬如人之有生必有死，而国之有兴必有亡也。”这几句进一步具体阐明“物必归于尽”的论点，用相反相成的观点论述了成与败、生与死、兴与亡的辩证关系。
作者深受道家思想影响，对老子的辩证法有着深刻的理解，他总是抓住事物对立统一的矛盾双方关系来阐明自己的主张，确实是一个真正的“知命”者。以其知命，故能乐天。以其乐天，故能置生死、穷达、得失、祸福于度外，看穿忧患，顺应自然，超脱利害，旷达乐观。但作者毕竟又是一个通三教之变，成一家之言的文人，他“奉儒家而出入佛老，谈世事而颇作玄思”，本于儒而不囿于儒，谈佛老也不囿于佛老。所以文章接着又写道：“虽知其然，而君子之养身也，凡可以久生而缓死者无不用；其治国也，凡可以存存而救亡者，无不为，至于无可奈何而后已。”以道养身，以儒治国，儒道互补，相互为用。
通观全文，第一、二段记叙，第三段议论。记叙为议论作铺垫，议论是记叙的升华。记叙层层转折，跌宕多姿；议论精辟警策，纵横开阖，汪洋恣肆，一唱三叹，特别是辩证法的运用，熟练而深刻，提高了文章的思想水平，发人深思，耐人寻味。
如果把诗中的“伊人”认定为情人、恋人，那么，这首诗就是表现了抒情主人公对美好爱情的执著追求和追求不得的惆怅心情。精神是可贵的，感情是真挚的，但结果是渺茫的，处境是可悲的。
然而这首诗最有价值意义、最令人共鸣的东西，不是抒情主人公的追求和失落，而是他所创造的“在水一方”可望难即这一具有普遍意义的艺术意境。好诗都能创造意境。意境是一种格局、一种结构，它具有含容一切具备相似格局、类同结构的异质事物的性能。“在水一方”的结构是：追寻者——河水——伊人。由于诗中的“伊人”没有具体所指，而河水的意义又在于阻隔，所以凡世间一切因受阻而难以达到的种种追求，都可以在这里发生同构共振和同情共鸣。
由此看来，不妨把《蒹葭》的诗意理解为一种象征，把“在水一方”看作是表达社会人生中一切可望难即情境的一个艺术范型。这里的“伊人”，可以是贤才、友人、情人，可以是功业、理想、前途，甚至可以是福地、圣境、仙界；这里的“河水”，可以是高山、深堑，可以是宗法、礼教，也可以是现实人生中可能遇到的其他任何障碍。只要有追求、有阻隔、有失落，就都是它的再现和表现天地。如此说来，古人把蒹葭解为劝人遵循周礼、招贤、怀人，今人把它视作爱情诗，乃至有人把它看作是上古之人的水神祭祖仪式，恐怕都有一定道理，似不宜固执其一而否决其他，因为它们都包蕴在“在水一方”的象征意义之中。
自然，当我们处在与“在水一方”类似的境遇时，应当欣赏的是它的锐意追求，而不是它的悲观失望。这首诗以水、芦苇、霜、露等意象营造了一种朦胧、清新又神秘的意境。早晨的薄雾笼罩着一切，晶莹的露珠已凝成冰霜。一位羞涩的少女缓缓而行。诗中水的意象正代表了女性，体现出女性的美，而薄薄的雾就像是少女蒙上的纱。她一会出现在水边，一会又出现在水之洲。寻找不到，急切而又无奈的心情正如蚂蚁爬一般痒，又如刀绞一般痛。就像我们常说的“距离产生美感”，这种美感因距离变得朦胧，模糊，不清晰。主人公和伊人的身份、面目、空间位置都是模糊的，给人以雾里看花、若隐若现、朦胧缥缈之感。蒹葭、白露、伊人、秋水，越发显得难以捉摸，构成了一幅朦胧淡雅的水彩画。诗的每章开头都采用了赋中见兴的笔法。通过对眼前真景的描写与赞叹，绘画出一个空灵缥缈的意境，笼罩全篇。诗人抓住秋色独有的特征，不惜用浓墨重彩反复进行描绘、渲染深秋空寂悲凉的氛围，以抒写诗人怅然若失而又热烈企慕的心境。诗每章的头两句都是以秋景起兴，引出正文。它既点明了季节与时间，又渲染了蒹苍露白的凄清气氛，烘托了人物怅惘的心情，达到了寓情于景、情景交融的艺术境地。“蒹葭”、“水”和“伊人”的形象交相辉映，浑然一体，用作起兴的事物与所要描绘的对象形成一个完整的艺术世界。开头写秋天水边芦苇丛生的景象，这正是“托象以明义”，具有“起情”的作用。因为芦苇丛生，又在天光水色的映照之下，必然会呈现出一种迷茫的境界，这就从一个侧面显示了诗的主人公心中的那个“朦胧的爱”的境界。王夫之《姜斋诗话》说：“关情者景，自与情相为珀芥也。情景虽有在心在物之分。而景生情，情生景，哀乐之触，荣悴之迎，互藏其宅”，《蒹葭》这首诗就是把暮秋特有景色与人物委婉惆怅的相思感情浇铸在一起，从而渲染了全诗的气氛，创造了一个扑朔迷离、情景交融的意境，正是“一切景语皆情语”的体现。总之，《蒹葭》诗的丰富美感，不论是从欣赏的角度，还是从创作的角度，颇值得我们重视和予以认真探讨。
雨花台是坐落在南京城南的一处名胜，登高远眺，诸景诸色，尽收眼底。南京曾是明代建国之初的都城，明朝开国皇帝朱元璋的墓就在南京钟山之上；南明福王朝廷也曾建都于此。诗人登上雨花台，举目四望，不禁感叹万分。开头两句不禁点名了诗人的布衣身份，而且还隐含着一股豪气。魏禧在明亡之后，绝意仕进。清统治者为笼络文士，曾诏举博学鸿词，他拒绝应试，因此年至四十，仍甘心老于茅屋。“麻鞋”乃乡间野老所穿，杜甫曾以“麻鞋见天子，衣袖露两肘”写抵凤翔见唐肃宗得授拾遗的情景。在山河破碎、江山易主的时刻，魏禧以“此日麻鞋拜故京”表达了更为深沉浓重的情感。
三、四两句诗人心头的怒火陡然升起，诗人发出了激愤的责问：究竟谁是国家灭亡的罪魁祸首？表现了诗人对祸国殃民者的仇恨和对历史的反思。“全破碎”的“全”字含义深刻。金瓯破碎，竟然无一可以幸免，而且是在极为短暂的时间内遭到了迅速覆灭的命运。福王朱由崧即位南京之后，阉党余孽马士英等把持了朝政，不积极备战，以图恢复，反而倒行逆施，大兴土木，恣意荒淫，遂使山河全部为清所有。战火遍地，四处疮痍，甚至明朝开国皇帝的陵墓也难逃厄运。这实在是令人难以容忍的奇耻大辱，诗人用“可堪翦伐到园陵”表达了痛心疾首的义愤之情。其中有对断送国家者的鞭挞，也有对异族入侵者的控诉。
五、六两句诗人内心的怒火转化为憎恶怨恨，从而使全诗的内蕴更加深邃和丰富。“牛羊践履”既是实写眼前景，又是对异族侵略者的微妙讥讽。作为刚从游牧部族进入关内的清人，牛羊的践踏锦绣江山，就如同他们的铁蹄在蹂躏着大江南北。“多新草”三字含义深长，形象地描绘出了被牛羊践踏的田园一片荒芜，只有野草时时更新的景况，黎民百姓的悲惨处境也就可想而知了。与此相对的却是雍容华贵的官府车盖，前呼后拥，招摇过市。更令人触目惊心者还是“半旧卿”三字，那些曾在明朝为官为宦的权贵们，在异族入侵着面前卑躬屈膝，侧姿求媚，腰身又变成了当朝的新贵。他们毫无民族气节，不顾国家生死危亡，只知追求个人安乐，不正是这些民族败类葬送了明代的江山吗？这就与上一联“谁使山河全破碎”紧紧呼应起来。“冠盖雍容”与诗人“柴荆”“麻鞋”的身份相映衬，表露出“冠盖满京华，斯人独憔悴”之意，诗人强烈的民族气节也就愈加分明。“多新草”与“半旧卿”，一新一旧，新草遮盖的是旧日山河，旧卿却扮演了新贵的角色。由此不难见出诗人锤字炼句之功。
最后两句，诗人在雨花台上陷入了深深的沉思之中，满腹的悲愤还未倾吐干净，不觉暮色已经降临。作者的真挚情感甚至打动了天地万物，只见凄风悲号，江水痛哭，日夜不息。正所谓“登山则情满于山，观海则情溢于海”，达到了“感天地、泣鬼神”的程度。全诗也就在这悲风声中收束。