文章讲述了巢谷一生中的三件事情，一是改应进士考试为应武举；二是完成朋友的托付；三是不远万里看望苏轼兄弟。这几件事情都表现了巢谷为人的卓异之处，表明巢谷是一个急难之时可以托付的义士。然后文章引用高恭事赵襄子的历史典故来说明巢谷对于朋友的古道热肠，不因时势而变迁的豪侠性格。作者通过对巢谷这个人的描写也从侧面对于那些趋炎附势、落井下石者进行了批判。文章叙述生动感人，不用粉妆玉琢，自然平实，而于简洁文字中蕴含了厚重的知音友情。
从结构上看，这篇传记可分为四段：
第一段：弃文学武。首句依一般传记惯例，写被传者姓名、字、父名，籍贯、职业等。“眉山农家”四字不可忽视，“眉山”，指出传主巢谷与作者是同乡。“农家”指巢谷出身微寒，并非官宦人家或豪门贵族，尽管如此，作者愿为之立传，在等级森严的封建时代，实属不易。下面写巢谷曾经被举进士，到过京师。“见举武艺者，心好之”，这是他一生的转折点：弃文学武。这段以“业成而不中第”作结。“业成”指习武之业有所成就，理当“中第”，但“不中第”，隐含科举之弊。
第二段，金石之交，缓急可托。先写巢谷漫游西方边疆，结交当地秀杰为好友。接写巢谷与韩存宝二人结为“金石之交”。下面用具体事例加以说明：存宝得罪，自料必死，托后事于巢谷，谷许诺，重义如山。末句作者自言认识巢谷，并且知道他的“志节”，显示了文章的真实性，进而用“缓急可托”四字总结了巢谷重义的品德。
第三段，万里步行，以行其志。可分两个部分，第一部分写“予之在朝”做高官时，巢谷不曾来见一面。只短短一句话，就把巢谷不愿阿谀奉承，趋炎附势的人品表现了出来。第二部分写苏氏兄弟被贬谪后，巢谷“欲徒步访”，在道义上给以慰安、支持和力量。作者几乎用了整段的篇幅来详写巢谷不远万里，不辞辛苦，矢志不渝的大义大勇，与第一部分鲜明对比，在对比中显示出巢谷的义气和品德来。第二部分，先写苏氏兄弟被贬后，“士大夫皆讳与予兄弟游，平生亲友，无复相闻者，”这与平日不相闻，处于逆境时却坚决来访的巢谷形成鲜明的对比，文章多次用“对比法”，都很巧妙。接写“闻者皆笑其狂”。“闻者”指眉山县得知巢谷万里访苏氏的人们，他们都耻笑巢谷发了疯，十分狂妄，这说明他们与巢谷思想境界相差甚远，他们是无法理解巢谷的志节和行为的，他们与巢谷形成鲜明对比，而且从反面衬托出了巢谷的志节非凡。这里运用了“反衬”的手法：相见之前，巢谷梅州修书，予惊喜曰：“此非今世人，古之人也。”为下段引出古人“高恭”作了埋伏，这是伏笔。接着写“循州相见”，“握手相泣”，感情激动，场面感人。后写巢谷“将复见子瞻于海南”，中途病死于新州。时年七十三岁。元丰六年苏轼因“乌台诗案”被贬黄州，巢谷曾来拜访，馆于雪堂，并教苏轼之子迨、过二人读书，所以这里用“将复见”。巢谷虽然半道病死，但其义气、志节永存，苏辙“哭之失声”，读者也深受感动。
第四段，借古喻今。用“昔”字引出先秦时代赵襄王“晋阳之难”的故事。赵襄王被围困于晋阳，断绝粮草，“易子而食，群臣皆懈，惟高恭不失人臣之礼”，解围之后，“行赏群臣，以恭为先”。作者引用此典，是为了说明“谷于朋友之义，实无愧于高恭者”。这里借古喻今，正于上段“此非今世人，古之人也。”相照应，上文采用的伏笔，正在这里揭示、显现。从另一角度看，这里引古人高恭以比巢谷，从正面衬托出巢谷之“义”。最后用“惜其不遇襄子”发抒感叹，巢谷如遇襄子，必得首功之奖；而自己虽知巢谷之贤，但处在贬谪的逆境中，无权“以发之”，只能提笔写出这篇传记，颂扬巢谷的志节，将来有机会时交给巢谷在泾原军中的儿子，从而交代了写作这篇文的缘由，表现出作者对巢谷志节的崇敬和无力报答的惋惜。
从写作方法上看，首先是选材典型，紧扣主题。巢谷一生的事迹很多，作者只选择了三件事情：一、弃文学武；二、与韩存宝结为金石之交而且缓急可托；三、写苏氏兄弟处于逆境，士武夫及生平亲友都不再来往的时候，巢谷却徒步万里相访，结果死于途中。选取这三件有代表性的材料，足以表示巢谷一生重义笃志的人品。其次，作者在处理这三件典型材料时，不是平均使用笔墨，而是有详有略，详略得当。巢谷青少年时弃文学武，与众不同，作者叙述简约概括。第二件事描述稍详，第三件事是重点，详细描述，重点突出。而在描述这一重点部分时，也不一切都详，而能作到详中有略。譬如写苏氏兄弟青云直上时，巢谷不曾一见，作者只用了一句话，十分简略；当作者写到“予兄弟”处于逆境，巢谷万里步行而相访时，则不惜笔墨，不厌其详。这样写法给人一种疏密相间，详略得当的美感。再次，文章还采用了伏笔、照应，引用、对比、衬托等手法。
唐朝的韦应物写了一首《听嘉陵江水声寄深上人》：“凿岩泄奔湍，称古神禹迹。夜喧山门店，独宿不安席。水性自云静，石中本无声。如何两相激，雷转空山惊？贻之道门旧，了此物我情。”这位作家对水石之间关系的疑惑与领悟，亦同于苏轼之于琴指。这其实是个高深的哲学问题，因为在佛教看来，一切都是因缘和合而成，事物与事物之间只是由于发生了联系，才得以存在。即如所谓“四大”，《金光明最胜王经》卷五说：“譬如机关由业转，地火水风共成身。随彼因缘招异果，一在一处相违害，如四毒蛇具一箧。”《圆觉经》说：“恒在此念，我今此身，四大和合。”《楞严经》曾对什么是“浊”有一段阐发：“譬如清水，清洁本然，即彼尘土灰沙之伦，本质留碍，二体法尔，性不相循。有世间人取彼土尘，投于净水，土失留碍，水亡清洁，容貌汩然，名之为浊。”也就是说，“浊”是尘土和清水发生了作用而形成的。另一段论述说得更为明确：“譬如琴瑟、箜篌、琵琶，虽有妙音，若无妙指，终不能发。”——苏轼的诗简直就是这段话的形象化。
从字面上看是说，如果说琴可以自己发声，那么为什么把它放在盒子里就没了乐声？如果说声音是由手指头发出的，那么为什么不能凑过耳朵靠近指头直接听到乐声呢？
苏轼在这首诗中思考是：琴是如何发出声音的？根据科学依据可知，其实，琴能演奏出优美的音乐，这不光需要靠琴，还要靠人的指头弹动、敲击钢丝 ,产生振动发出，人的手指和琴同时存在是发出琴音的物质基础，只有两者相辅相成，才能奏出优美的音乐。
由于钢丝的粗细不同，所以按不同的键，木槌就会敲击相应的钢， 发出不同的声音。
从禅理方面来说，诗人以琴声来解说禅理。诗人通过反问的方式，巧妙而形象地说明了是琴与指的结合，才产生了精美的琴声。一方面，不论是从单纯的琴来说，还是单纯的指来说，其都是一种客观存在，有其在就能发出琴声来，这就是“有”；但琴与指都是无法独自产生出美妙音乐来的，这就是“无”；另一方面，精妙绝伦的琴声却又是的的确确从琴和手指上发出来的，琴声是潜存于琴与指上的，这就是“有”。缺少了琴与指中的任何一个，也不能发出优美的琴声来，这又是“无”。正是这种“无中生有”、“有来自无”、“有无相生”、“有无结合”才会产生美妙无比的琴声来，从而揭示了“有”与“无”结合、“有”“无”统一才能生成万物的普遍道理。须知，琴声潜在于琴上，要靠指头点拨，即靠“有”的推动才能发出声来，但光有指头也无济于事，“有”必依赖“无”即潜在于琴身的音才可生出声。总之，有无相生是万物生成之本。
该诗哲理性很强，富有禅机。佛教视有为无，视生为灭，追求无声无形不生不减，音乐的真实即虚无，所以音乐无所谓真实与否，要以“谐无声之乐，以自得为和”、“反闻闻自性，性成无上道”，通过内心的感受而自得、反悟禅道。《题沈君琴》否定了琴、指两者和音乐之声的关系，其思想和《楞严经》“声无既无灭，声有亦非生，生灭两圆离，是则常真实”相通。
