这首词是写客愁，以“舟中夜雨”为中心，描述离人失意无客眠时的种种感受：秋雨打篷的繁声，芦苇堤树的潇潇声，危滩的急溜声，声声落枕，声声都敲击在人的心上，最后归结出年华虚度、白发徒增的主题。整首词笔意绵密回环，声情哀迫宛转，艺术感染力很强。
上片因题起句，“倦游”“江湖味”扣“十八滩”，“孤篷”扣‘舟中”，“眠秋雨”扣“夜雨”；一个“尽”字、一个“又”字，则再现了题中所含雪上加霜的况味，同时也领起了全篇对“雨”的着力刻画。由于是“眠秋雨”，所以首先是船舱内的印象，但觉雨点声繁而势沉，击打船篷，如落枕上，灯火为之摇曳，旅人为之失眠。乡梦既已无法续成，词人的注意力便为舱外的夜雨所吸引。夜雨主宰了十八滩的旅程，前时两岸常可听到的蟋蟀幽鸣已为雨声替代，而滩边的芦苇、堤岸的丛树，则增添了风雨的变调，使之更觉荒凉凄冷。值得注意的是，在“一夜潇潇”的秋雨中，不可能辨识“断苇荒芦”、烟渚堤树之类的外部景物，词人的铺写，其实只是舟中听雨，由听觉产生的联想。但这种写法，却加倍渲染出了夜雨的氛围和效果，使人有身临其境之感。
下片继续宕开。“渐寒生竹簟”，一个“渐”字与“一夜潇潇”前后呼应，标志长夜的苦捱已近尾声；而“寒生竹簟”由听觉过渡到触觉；也暗示了“夜雨”形势的变化。身心交加的寒意使词人势必不能继续躺卧下去；于是起身推篷出望。此时已将拂晓；雨势已杀；但岸上古驿的残更；船过危滩的急流；都是“一夜潇潇”的雨意的延伸。它们唤起了“天涯离绪”，由归期又误的感慨，引出了词人回身南望粤中家乡的举动。而“庾岭模糊，湿云无数”的视界，又与前时的“夜雨”意脉相接。古人颇多一夜愁白头发的先例，于是词人想到到了明朝揽镜相照，定然自己也免不了增添几许华发。这一结笔，正是对一夜煎熬的总结。
此词自“孤篷又眠秋雨”句后，再不出现“雨”字，而各句无不与“舟中夜雨”的题面相连，又无句不从旅愁中反映出乡思。大笔濡染，不粘不滞。作者曾手批《山中白云词》，对张炎“濡染有致”“情景俱到”“寄托遥深”的手法别有会心，此作亦全面表现了这种种特色。
唐朝的韦应物写了一首《听嘉陵江水声寄深上人》：“凿岩泄奔湍，称古神禹迹。夜喧山门店，独宿不安席。水性自云静，石中本无声。如何两相激，雷转空山惊？贻之道门旧，了此物我情。”这位作家对水石之间关系的疑惑与领悟，亦同于苏轼之于琴指。这其实是个高深的哲学问题，因为在佛教看来，一切都是因缘和合而成，事物与事物之间只是由于发生了联系，才得以存在。即如所谓“四大”，《金光明最胜王经》卷五说：“譬如机关由业转，地火水风共成身。随彼因缘招异果，一在一处相违害，如四毒蛇具一箧。”《圆觉经》说：“恒在此念，我今此身，四大和合。”《楞严经》曾对什么是“浊”有一段阐发：“譬如清水，清洁本然，即彼尘土灰沙之伦，本质留碍，二体法尔，性不相循。有世间人取彼土尘，投于净水，土失留碍，水亡清洁，容貌汩然，名之为浊。”也就是说，“浊”是尘土和清水发生了作用而形成的。另一段论述说得更为明确：“譬如琴瑟、箜篌、琵琶，虽有妙音，若无妙指，终不能发。”——苏轼的诗简直就是这段话的形象化。
从字面上看是说，如果说琴可以自己发声，那么为什么把它放在盒子里就没了乐声？如果说声音是由手指头发出的，那么为什么不能凑过耳朵靠近指头直接听到乐声呢？
苏轼在这首诗中思考是：琴是如何发出声音的？根据科学依据可知，其实，琴能演奏出优美的音乐，这不光需要靠琴，还要靠人的指头弹动、敲击钢丝 ,产生振动发出，人的手指和琴同时存在是发出琴音的物质基础，只有两者相辅相成，才能奏出优美的音乐。
由于钢丝的粗细不同，所以按不同的键，木槌就会敲击相应的钢， 发出不同的声音。
从禅理方面来说，诗人以琴声来解说禅理。诗人通过反问的方式，巧妙而形象地说明了是琴与指的结合，才产生了精美的琴声。一方面，不论是从单纯的琴来说，还是单纯的指来说，其都是一种客观存在，有其在就能发出琴声来，这就是“有”；但琴与指都是无法独自产生出美妙音乐来的，这就是“无”；另一方面，精妙绝伦的琴声却又是的的确确从琴和手指上发出来的，琴声是潜存于琴与指上的，这就是“有”。缺少了琴与指中的任何一个，也不能发出优美的琴声来，这又是“无”。正是这种“无中生有”、“有来自无”、“有无相生”、“有无结合”才会产生美妙无比的琴声来，从而揭示了“有”与“无”结合、“有”“无”统一才能生成万物的普遍道理。须知，琴声潜在于琴上，要靠指头点拨，即靠“有”的推动才能发出声来，但光有指头也无济于事，“有”必依赖“无”即潜在于琴身的音才可生出声。总之，有无相生是万物生成之本。
该诗哲理性很强，富有禅机。佛教视有为无，视生为灭，追求无声无形不生不减，音乐的真实即虚无，所以音乐无所谓真实与否，要以“谐无声之乐，以自得为和”、“反闻闻自性，性成无上道”，通过内心的感受而自得、反悟禅道。《题沈君琴》否定了琴、指两者和音乐之声的关系，其思想和《楞严经》“声无既无灭，声有亦非生，生灭两圆离，是则常真实”相通。
