诗歌的首句表达了诗人因不能与友人相聚，一起赋诗饮酒，欣赏春色而深感遗憾。
“虽失春城醉上期，下帷裁遍未裁诗。”是说友人因病而错失与自己春日共游饮酒的约定，放下帷幕苦读讲学，未能写成新诗。流露出对友人因病而无法与自己一道游览春光的遗憾惋惜之情。
“因吟郢岸百亩蕙，欲采商崖三秀枝”，前句说自己在室内培养人才，但内心仍想去山崖上采摘三春秀丽的花枝。此句表达诗人因友人无法赴约而也闭门教书，但内心仍旧充满对春天美景的渴望之情，仍旧流露出对于无法饱览春光的遗憾之情。
诗歌第五句写自己如野鹤一般，不受约束，言外之意是自己现在没有在官场，也并不会期待投身官场。
诗歌第六句写诗人虽然吃着朴素的饭菜，但心安理得，非常惬意。言外之意是虽然贫穷，有才难现，即使生活朴素，但我内心宽阔，没有束缚。
诗歌第七句，诗人期待友人的眼疾能尽快好起来，言外之意是我很担心你，希望你一定要战胜病患。
诗歌第八句是说，只要能让皮日休的双目重新恢复健康，不怕将来没有花满枝的美好春景供我们一同游赏，体现出诗人对友人病情的关切与宽慰，希望友人疾病能尽快转的美好祝福，友人一定能恢复康健的信息，以及对将来携手共游的期待之情。
有人将《芙蓉曲》解释为婉言进谏的政治隐喻诗，也有人认为此诗暗含感伤身世、知音未遇等意义。对于现代的读者来说，只将这首诗视为一首丽情乐府，分析和领略它的意境和艺术风格，也无不可。自古以来，尤其是南北朝乐府里，有诸多作品描写江南采莲这一风俗，以及由此而衍发的采莲人的各种情思。萨都剌这首《芙蓉曲》继承前人乐府诗之风，以芙蓉起兴，描写水乡女子触景生情，哀伤青春易逝。
诗的首联描写了秋日江上的芙蓉和江上荡舟的女子。江上芙蓉盛开的美景，与女子的断肠愁思相对举，两相映衬。
颔联两句进而描写秋江女儿的生活：温暖的春日里，她穿着一袭红衣，看护着满江的荷叶；秋日暮色里，她的翠色长袖和荷叶一起迎着凉风翻飞飘扬。“绛袍”和“翠袖”都是秋江女儿的穿着，这两种颜色又分别是芙蓉花和叶的颜色，暗示着人与花的关联，人如花，花似人。“春浅”、“日暮”相对，意为秋江女儿与芙蓉从春到秋、从晨至暮始终相依相伴。“翠袖日暮迎风凉”，很容易联想到杜甫《佳人》诗的最末两句“天寒翠袖薄，日暮倚修竹”。《佳人》描写的是一位居住在空谷中躲避战乱的女子，亲人已死，夫婿又抛弃她娶了新人。“但见新人笑，哪闻旧人哭”，是旧时女子最凄惨的爱情悲剧。这就隐隐透露出秋江女儿愁思的根源了。
颈联描写了江波，落叶等寒秋之景。从屈原“袅袅兮秋风，洞庭波兮木叶下”（《九歌·湘夫人》）开始，洞庭秋叶萧萧飘坠成为寒秋初至的鲜明标志。萨都剌化用这一典故，点出江上季节的变化。树木凋零，令人触景生情：木已如此，那比树木还娇嫩的莲花又该如何抵挡季节的摧残。
尾联说秋江女儿面对满江盛开的莲花，因为爱惜这娇艳的花朵，不忍心划桨荡舟，唯恐碰伤了芬芳美丽的鲜花，更不愿意采折。这一片爱花惜花之心，也回答了诗的开篇提出的悬念：秋江女儿对着正盛开的芙蓉“将断肠”呢，原来是因为看到芙蓉盛放，正是最美的时候，但秋季也已来临，花朵马上就要凋落；娇艳只是短暂的，美丽并不能持久，这就是爱惜芙蓉的秋江女儿的哀叹。芙蓉尚有秋江女儿来爱护，秋江女儿却无人来怜惜。由花及人，秋江女儿对着满江云霞般的芙蓉，自然愁思无限。整首诗情感的展示非常细腻曲折。
这首诗是萨都剌乐府诗的代表作。与萨都剌交情颇好的元代诗人杨维桢曾这样评价好友：“天锡诗风流俊爽，修本朝家范。宫词及《芙蓉曲》，虽王建、张籍无以过矣。”把这首《芙蓉曲》的成就与王建、张籍等人的诗歌相提并论，是一个很高的评价。
诗的风格清丽婉转，以芙蓉起兴，曲折反复地表达了秋江女儿的心曲，她面对盛放的芙蓉以及萧萧落木，触景生情，产生了花木凋零、红颜易老、青春美丽无法永驻的愁思。在这里，花即是人，人亦是花，秋江女儿与秋江芙蓉两种意象是重叠在一起的。在女子发出的对花的哀叹和惋惜中，揭示了最盛之时即是衰败之始的道理。这首诗风格绮丽，但不俗艳；善于化用前人的诗句意境，但不生硬，具有较高的艺术技巧和艺术感染力。作者用清丽的文笔，捕捉少女若有若无的心思：由伤花之凋零，到哀伤自己青春的易逝；由没有惜花之人，到自己没有知己的自怜自惜。似哀怨，又似期待，余韵悠然，耐人寻味。
上片用刘表、王粲事，抒写怀才不遇的郁闷。
“鸡鸣风雨潇潇，侧身天地无刘表。”起句突兀，化用《郑风·风雨》“风雨潇潇，鸡鸣胶胶”之句，“风雨”便象征乱世，“鸡鸣”便象征君子不改其度。这一句是把握词旨趣的关键，没有这一句，就可能把词理解成悲秋思乡，有了这一句，就知道词人表达的是英才思明主的“择木之意”。汉末初平三年，董卓部将李傕、郭汜在长安作乱，大肆烧杀劫掠，百姓遭殃。刘表为荆州刺史，荆州没有战乱，较为安宁，所以很多人到那里避乱，王粲因为跟刘表是同乡，两家有世交，故此去投靠他。所以这里不是一般意义地赞美刘表，而是以王粲自比的延伸。此句重笔描绘出一幅寒冷阴暗、风雨交加、鸡声四起的背景，渲染了一个风雨如晦，看不到曙光的环境，暗示元末社会风雨飘摇，动荡不安。词人感叹天地之大，竟无像刘表那样的人可以依附，流露了他的失路之悲。
“啼鹃迸泪，落花飘恨，断魂飞绕。”杜鹃，又叫杜宇、子规、伯劳、鹈鴂，自从屈原把它写进《离骚》，它就与古典诗词结下不解之缘。它既被用来表现或烘托思归之情，又用作“落花时节的标志”，或者是时序更换的标志。“啼鹃迸泪”和“落花飘恨”用拟人的手法，把词人沉痛悲怨之心披露无遗，杜鹃的啼鸣又隐含了无限的乡愁，引发了下片的怀乡之情。由于连“依附刘表”亦不可能，便感到魂断无依。词人侧身于天地之间， 骋目四望而无栖息托身之地， 其内心之痛苦有如杜鹃啼血。此句不是词人一般意义上对于生命的惋惜，而是他基于事业功名的执着追求。自古仁人志士，总伴有岁时惊心、时序迁流的紧迫感，在看似伤感的表层下掩盖着积极进取的人生动机。
“月暗云霄，星沉烟水，角声清袅。”“月暗”、“星沉”进一步渲染拂晓前天色的阴沉压抑，画角之声也是那样凄凉哀厉，令人生悲。在这里，我们可以强烈地感受到他对时光的执着与敏感。
“问登楼王粲，镜中白发，今宵又添多少。”以王粲自比在前面已提到，而“登楼王粲”是以“登楼”为具体语境，这意味着词人并不是在一般意义上自比王粲，而是有着特定的负载信息。滞留异地、有家难归的思乡之情，施展才华、拯世济物的用世之心，以及日月逾迈、志不获骋的焦虑沉淀在刘基的内心深处，反复出现在其词中，揭示了词人复杂的心理。
下片抒写乡愁，紧承登楼。
“极目乡关何处？渺青山、髻螺低小。”词人极目远眺，不见家乡，只见如髻螺般的远山，横于天边，使人惆怅。那远山挡住了自己梦回家乡的道路，眼望不到，梦魂难飘，此恨怎消？词人把其为朝廷命运担忧，为个人前途而苦苦思索的郁志之弗舒，付之于这句话。
“几回好梦，随风归去，被渠遮了。”以责怨之笔写青山遮梦，意境奇警，更觉深哀。
“宝瑟弦僵，玉笙指冷，冥鸿天杪。”词人万般无奈之下，只有借音乐以表哀思，谁想弦僵指冷，难以成调，最后只能目送飞鸿消失在天边，遥寄乡情。至正十三年，刘基建议捕斩方国珍，上官非但不听，反将其罢黜浙东元帅府都事，羁管绍兴，于是词人发出“千古钟期今已矣，空惨怆，对瑶琴”的深深感叹。同时又是暗用嵇康《赠兄秀才入军》诗“目送归鸿，手挥五弦”（其十四）所表达的理想人格之意及知音不在的感慨之意。
“但侵阶莎草，满庭绿树，不知昏晓。”收束全词，没阶的莎草和蔽日的庭树，使人难辨晨昏，这既是写景，也是世事昏暗，自感前途渺茫的心理写照。照应了“鸡鸣风雨潇潇”，在情感上造成回环往复，增加一唱三叹的摇曳之美。而且，“不知昏晓”实又暗喻元末动荡不安的社会现实。刘基一向以王佐之才自命，意欲澄清天下，礼义治国，然而天下扰扰，何去何从呢？这是摆在词人以及当时所有士人面前的一个难题，此词正是他此时矛盾、困惑心情的写照。
全词以啼鹃、落花、断魂等意象的迭加与组合，托物以寄兴，将忧愤、哀怨、惆怅、彷徨，融于一体，既有思乡之情，写意空灵，造语典雅，用典自然贴切，含而不露放之风。既有思乡之情，又有失路之悲，节奏强烈快捷，如急风暴雨，颇有豪放之风。
