全诗四十八句，按内容分为五节。前十句为一节，写题目中的“水谷夜行”作为全诗的引子。首两句写夜班更深起行的感受。首句鸡声惊起，憨、号、荒这些字给人以荒凉冷落的感觉，“山壁月倒挂”写月将落的景色，生动形象，和首句的荒寒相映成趣。三、四句写早行赶路。五、六句回忆初离京师，时值初夏，而现在已届素秋，强调出行之久。这些都为下文怀念京师作垫。同是写将晓的景色，李商隐的“长河渐落晓星沉”是凄丽，而“高河泻长空，势落九州外”则是气势雄浑，境界开阔。九、十两句写天将拂晓，睡意全消，自然引起下文怀友之念。
“缅怀”二句，诗人由眼前的侵晓夜行想到当日京师的文酒高会，冷落的行旅和热烈的气氛形成鲜明的对比。然后文笔从高会的众宾收缩到诗人所畏爱的苏、梅二人。古人称值得敬佩的朋友为“畏友”。“可畏爱”三字引出下面几节对苏、梅的评论，直贯篇末“双凤凰”的比喻。“篇章”两句总写二人创作之富，声名之高，难分上下。这是总评，为下两节分评起个头。这是第二节。
第三节专论苏舜钦的才气。《庄子·齐物论》说：“大块噫气，其名为风，作则万窍怒号。”“万窍号一噫”就是用《庄子》的语意来表现“气尤雄”的程度，说他作诗的气势，犹如大风陡作，万窍皆鸣。苏舜钦又善写草书。“有时”两句暗用张旭（人称张颠）来夸赞苏舜钦的书法，这也是“气尤雄”的注脚。“譬如”两句写其奔放，这是兼诗和草书说的。“盈前”二句主要写其既多且好，但“难拣汰”三字于赞扬中也略有微词。这一节共八句，表现了一个才气横溢的诗人和草书家的形象，他的酒酣落笔、尽情挥洒的风神令诗人神往。
第四节十二句专写梅尧臣诗风的古淡，和苏舜钦的雄放恰成对照。梅尧臣比欧阳修大五岁，“梅翁”的称呼既亲切又有尊敬的意味。“事清切”的“事”是动词，表示梅尧臣刻意追求“清切”的境界。次句用流水穿过乱石的形象来比喻“清切”，但不是直说，而说成是“石齿漱寒濑”，就更显生动。这里暗用孙楚“漱石枕流”的典故，而不易使人察觉。“作诗”两句写梅尧臣诗的功力之深（相传梅尧臣日写一诗），又表示了诗人对梅尧臣诗的尊崇之意。“文词”四句写作诗之久，老而不衰。一般人年龄一大，才思往往不如年轻时的敏锐，因而诗的功力虽深，清新之感却逊于当年。而梅尧臣却不然，年龄心意虽然老大（其实这时才四十三岁），但文词反而更加清新。这句的“虽”字，有的版本作“难”，那么可以解释为全心全意作诗，不知老之将至（诗人青春长在）。单从这两句看，“难”字意味还长些，但和下面“譬如”两句接不起来，所以把四句合起来，仍以“虽”字为佳，两句因韵脚而倒装。“譬如”两句从“徐娘半老，丰韵犹存”的典故化出。用“妖娆女”作比喻，带有亲切幽默的味道。“近诗”四句写梅尧臣的诗风从清切到古硬，功力愈深，而一般浅人愈难欣赏。用“食橄榄”为喻，非常贴切，写出梅诗耐人细细琢磨才能欣赏的硬工夫，这是下节“古货今难卖”的伏笔。食橄榄这个比喻被后人沿用来说明一种生涩的诗风，如评黄山谷诗等。把这一节十二句和上节八句对比，看出作者用笔的变化。苏舜钦诗的特点是雄放，作者八句也如同一气喷出。梅尧臣诗“古硬”，别人不易理解，所以作者用十二句分三层来写梅诗的特点，先写作诗之久，叙作者为衬，再用比喻说愈老愈清新，最后特别提到“近诗尤古硬”，表明工夫老到，但“真味”必须细嚼得之，不能失此“古货”（古人不管自己怎么创新，总标榜越古越好）。作者的苦心尤在宣扬梅尧臣诗的高超。这两节是该诗的主要部分，又为最后一节的总结准备了条件。
最后一节十二句，分三层，“苏豪”四句为第一层，总结前两节的描写。苏舜钦诗虽容易为人欣赏，但用“徒惊骇”三字，也含有对当时舆论的不满。“二子”六句为第二层，对两人表示深切的同情和赞扬，将他们比作“双凤凰”，推崇备至，但“云烟”二句也表现出对他们的遭遇深感不平。“凤凰”既是祥瑞之物，理应受到全社会的尊重和爱护，但刚一施展才能，立即受到摧抑排摈，两句“一”字紧相呼应，以表现当时世人的妒贤嫉能。在此诗写后不久的九月份，苏舜钦就因向朝廷进奏院祠神祭祀费酒而被小人告讦，贬谪而死。欧阳修在《苏氏文集序》一文里感慨尤深。“安得”二句一方面就“凤凰”的比喻生发，哕哕，本指凤凰的鸣声，这儿即指作诗唱和；另一方面回应篇首“二子可畏爱”的语意。最后两句为第三层，表示相思之情不能已，所以作诗寄问，交代题目中的“寄”字。因为诗人独行无友，风尘仆仆，想到当时京师文酒高会的盛况，想到苏舜钦、梅尧臣的诗才，诗人觉得，这时他们可能把酒吟兴正浓，不知道他的相思之苦，所以得寄诗相问。这样和题目中的夜行及第一节正好呼应。这两句总结全诗，略嫌草率，未能达到神完意足的境界，有点美中不足。
欧阳修在唐代诗人中极为推重韩愈，认为作诗当以韩愈为法。这首五古就是受到了韩愈诗的影响。在诗中写朋友的不同风格，韩愈《醉赠张秘书》说：“君诗多态度，蔼蔼春空云。东野动惊俗，天葩吐奇芬。张籍学古淡，轩鹤避鸡群。”欧阳修此诗就韩愈这种写法开拓得更广阔，把苏舜钦、梅尧臣诗风的特征予以尽情描绘，对社会上对他们的排斥极表不平。诗前的叙事写景简劲利落而语句凝炼，中间的评论形象生动又极富感情。全诗条理脉络清楚紧凑，是欧阳修五古中的一首佳作。
“长江浩浩西来，水面云山，山上楼台”。作者下笔并没有直接写金山寺，而是先描写金山寺气势不凡的背景。长江自夔门向东，穿过三峡天险，经湖北，过江西，流楼徽，入江苏，两岸虽然不乏高山丘陵，但地势基本上是比较平坦的，没有什么障碍，江水如脱缰的野马，浩浩荡荡，一泻千里。但到了镇江附近，却突然出现“水面云山”的景象，巍峨的金山在江中突兀而起。山立江中，这本身就是自然界的一种奇迹，即使作静态描写，也可谓大观。元曲《黑漆弩·游金山寺》中就有“苍波万顷孤岑矗，是一片水面上天竺”的句子。作者在这里用“浩浩西来”的长江作背景，以动衬静，就使金山的景象显得更加壮观，给人一种天外飞来之感。而金山寺雄踞在从江中拔地而起、耸人云天的高山上。“山水相连，楼台相对，天与楼排”，在把金山寺楼置在浩渺辽阔的背景上之后，接着具体描绘金山寺的景况。但作者仍然没有孤立地就山写山，就寺写寺，而是依旧紧紧抓住山立江中的特征来写。金山寺倒映江中，山与水连在一起，楼台上下相互映照。山在水中，水在山上，宛若一派仙境。这壮丽奇妙的景象，真是鬼斧神工，人间罕见，所以作者说是“天与楼排”。面对如此奇观，作者豪兴大发，饮酒作诗，即景抒怀。
“诗句成风烟动色，酒杯倾天地忘怀”。这两句，作者用狂态来表现自己沉醉在如此胜境中的豪情。他举杯痛饮，乘兴赋诗，一篇吟就，连风云烟霞好像也为之变色。他仿佛离开了人间，置身于人迹罕至的仙境，因而不禁手舞足蹈，将杯中酒倾洒于地。当他从酣饮中睁开朦胧的醉眼时，只见眼前的金山若隐若现，一半儿被云雾笼罩，一半儿陷于烟霾之中，亭台楼阁，仿佛都在烟云中冉冉浮动，那景象，酷似海上虚无缥缈的蓬莱仙山。这最后几笔，给整个画面染上了一层朦胧的色彩，把读者引入无限的遐想之中。
全篇写景，扣紧了“过金山寺”的一个“过”字。作者不是登临金山，只是乘船经过，因此能够远眺，能够纵览，能够从浩浩长江的广阔背景上，从山与水、山与云、山水与楼台的种种关系上写出金山景色的诗情画意，在给人以美的享受的同时，又能给人以情的感染。
理解这首诗并不难。首四句，写遭贬后出游而自嘲自慰。柳宗元被贬到永州，心情苦闷忧愤，感到环境十分艰险。于是常出游以求排遣，要趁着萧散闲逸之时，更加放纵自己的疏顽之性。其实，柳宗元不是真的萧散，而是被剥夺了参与政事的权利。柳宗元也不是真的疏顽，而是保守派打击迫害他的借口托辞。柳宗元强压满腔怒火，故作轻松调侃，自嘲自慰，表明了毫不屈服的内心思想。接着六句，写东山的高峻和构建西亭。柳宗元《永州法华寺新作西亭记》曾提及构建西亭的事：“法华寺居永州，地最高……庑之外有大竹数万，又其外山形下绝。然而薪蒸蓧簜，蒙杂拥蔽，吾意伐而除之，必将有见焉。……余时谪为州司马，官外乎常员，而心得无事。乃取官之禄秩，以为其亭，其高且广，盖方丈者二焉。”可知柳宗元构建西亭，是因为东山高峻，砍伐榛莽杂草之后，可以饱览风物，赏心悦目。一来算是萧散无事时做了一件自己乐意做而且能够做的事，二来证明自己确实生性疏顽，不思改过，反而变本加厉，孤傲山林，乐山乐水，表现出不屈抗争的勇气和愤激的心情。接下来十二句，写建亭后所见美景和心情的愉悦。写景从高而下，从远而近。在高峻的东山顶上仰天俯地，有上凌云霄，遗世独立之感。远山凑拢，澄江怀抱，胸襟不由开阔博大。夕照临轩，栖鸟飞还，菡萏艳色，斑竹清痕，清丽宁静的自然美景，令他陶醉。这样，由于贬谪而枯槁的精神，到此时方才开颜。当然，这只是暂时的、精神上的屏除和遗忘，所以描写赏心悦目的美景总偏重于幽深寂静的特征，蕴含着诗人心中深藏的挥之不去的忧怨。最后六句，写乡愁别情袭来，强自宽慰。赏心乐事最忌孤寂，何况柳宗元又身处贬谪的现实之中，所以山水之乐只能暂忘心中郁垒，时间稍长，不由得又勾起了深切的乡愁离恨。这种悲哀是由贬谪而来，与忧愤同根而互生，想要回归故里，现实中同样不可能，诗人只得强自宽慰，“置之勿复道”，在须臾的闲适欢乐中，忘得一时算一时。结尾哀婉低沉，怨愤之情长绕不去。
总之，遭贬而心情压抑——出游以求解脱——陶醉美景而暂悦——勾起乡愁——强自宽解而其实未能，是柳宗元山水诗最常见的结构方式和表达手法，而孤愤沉郁是贯穿全诗的感情基调和独特风格。