这篇文章可分为两部分：前一部分描写莲花高洁的形象；第二部分则揭示了莲花的比喻义，分评三花，并以莲自况，抒发了作者内心深沉的慨叹。
首句“水陆草木之花，可爱者甚蕃。”选用“可爱”二字，包罗群芳，表明托物寄兴，并不刻意求工，极见其立言斟酌之妙。
接着叙说“晋陶渊明独爱菊”。陶渊明不肯为五斗米折腰，解绶归隐后，饮酒赋诗，安享“采菊东篱下，悠然见南山”的田园逸趣。“独爱菊”，显示渊明雅致芬芳，傲然物外的性格，而且更加明确了题意：陶渊明可以爱菊抒怀，我怎不可独爱莲呢？
继写“自李唐来，世人甚爱牡丹”，写了唐人，特别是统治阶层“甚爱牡丹”的好尚，这几句像是重复，但实为加深语意也，而且此句入文，让对比感更为强烈，为其求莲之高洁铺下了引子。大意是周敦颐本人独爱莲与晋陶渊明的爱菊避世不同，为保持一份高洁，宁愿终老南山。他要在尘世中当个出淤泥而不染的君子。这种在污世保持清白与独自避世求真的心态，与众人皆羡富贵的从众心态是有着思想境界上本质的区别的。这为爱莲说所要表达的“出淤泥而不染”作了最好的铺垫。
然后作者撇开一笔说，让那些人爱其所爱吧，“予独爱莲之出淤泥而不染，濯清涟而不妖，中通外直，不蔓不枝，香远益清，亭亭净植，可远观而不可亵玩焉”。这一连串铺叙，对莲花挺拔秀丽的芳姿，清逸超群的美德，特别是可敬而不可侮慢的嵚崎磊落的风范，作了有力的渲染。这几句隐喻作者本身具有“出淤泥而不染，濯清涟而不妖”的高尚品格。实际上，他说的意思就是：官场黑暗，要在官场上保持自己高洁的品格，就如同莲花出淤泥而不染那么难。这也是他为官的经验总结，因为他不想同流合污。而“濯清涟而不妖”，不过是作者的一种良好愿望罢了。他为官正直，数洗冤狱，为民作主；晚年定居庐山，著书明道，洁身自爱，颐养天年，便是身体力行，澹泊明志的体现。这正是这篇小品能给人思想情趣以深切感染的着力之处。
接下来，作者对三种花象征的不同性格进行了比较和品评：“予谓菊，花之隐逸者也；牡丹，花之富贵者也；莲，花之君子者也。”本来，花是不具备人格的，但在作者眼里，莲花近于菊，却不像菊那样清高冷傲，似乎是逃避现实的隐者；它更不像牡丹那样妍丽妖冶，以富贵媚人。莲花出于污浊现实而不受沾染，受清水洗濯而不显妖冶，实为百花丛中的贤君子。另外，莲花又是佛教中的圣物，如来、观音均以莲花为座。唐释道世《三宝敬佛》云：“故十方诸佛，同出于淤泥之浊；三身正觉，俱坐于莲台之上。”作者《题莲》诗也云：“佛爱我亦爱，清香蝶不偷。一般清意味，不上美人头。”与这篇小品参照，情趣相得益彰。
最后，作者评花进而对“爱”也作出评价：“噫！菊之爱，陶后鲜有闻；莲之爱，同予者何人？牡丹之爱，宜乎众矣！”深深地慨叹：当今之世真隐者少，有德者寡，而趋炎附势钻刺富贵之门的小人比比皆是；这莽莽红尘，能有几个志同道合的人，共同去根治这社会痼疾呢？这里先用花进行比喻，让花的特性喻人，虽平淡，但比喻帖切，然后借花喻人，将陶渊明的避世，世人皆追求荣华富贵的心态描写的淋漓尽致。言下虽不免流露出一种孤掌难鸣的哀怨，但意味深长，无情地鞭挞了那些寡廉鲜耻之徒。这里，周敦颐是高傲的，他那种不从众只求纯净的心态，在碌碌尘世中是难能可贵的。他感叹，是因为世风日下，大多数人皆被世事玷染。
作者通过对莲花的爱慕与礼赞，表明自己对美好理想的憧憬，对高尚情操的崇奉，对庸劣世态的憎恶。
这是一首题画诗。诗的前两句是对“大树”的形象及其环境的描绘，比喻国破家亡，环境恶劣；后两句写画中人的活动，意喻诗人面对当时的生活境遇，有不堪回首之感，但仍要随时屈伸，继续坚强生活下去。全诗感情深沉含蓄，但不艰深晦涩；语言平易明畅，却流露出不屈的气慨。
诗的一二句是对“大树”的形象及其环境的描绘。首句描写大树顶天立地的高大形象。“风号大树中天立”，在狂风怒号中，大树中天而立，任凭狂风呼啸，仍就岿然不动。次句描绘环境、交代背景，“日薄西山四海孤”，这是日暮时分，夕阳西下，暮色苍茫。这见出环境的险恶，处境的孤危，更见出大树的强劲、兀傲。环境与大树成反衬关系，风之“号”更显出大树“立”的强度，“四海孤”更显出大树的挺拔，不同寻常。这两句既是写树，也是在写人。“风号”是比喻清兵入主中原，明朝灭亡，环境相当险恶。“日薄西山”象征江河日下的明朝的命运，当时长江以南的广大地区，还存在着一些南明小朝廷，但国运已是“日薄西山”，气息奄奄了。在这种恶劣的环境中，诗人表明要像大树一样独立中天，仍然要不屈不挠，独立自主，保持自己高尚的民族气节。
结尾两句写画中人的活动。“短策且随时旦暮”，写画上大树下扶杖独行的老人，这老人即作者自身的写照，他面对当时恶劣的生活境遇，表示要随意而安，继续顽强地生活下去。这是用老人从正面衬托大树。末句“不堪回首望菰蒲”，“不堪回首”即诉说理想与现实的矛盾，给诗人带来的精神上的极大痛苦。“菰蒲”这里是比喻那些意志薄弱，屈膝仕清的人，这是以软弱的矮小的水草从反面来衬托在狂风中傲然挺立的大树。这末句的感慨是有一定代表性的，当时的遗民中，不少是此种心境，虽然消沉了一点，缺少那种抗争的力量，但处于污泥而作不染之想，这样的操守，对于一个封建士大夫来说，是难能可贵的。
该诗回顾了诗人被流放到南方的经历，表现了他北归的兴奋之情，九死不悔的倨傲之心和坚强自信、旷达豪放的襟怀。全诗多次运用“比”的手法，韵味深远。
“参横斗转”，是夜间渡海时所见；“欲三更”，则是据此所作的判断。曹植《善哉行》：“月没参横，北斗阑干。”这说明“参横斗转”，在中原是指天快黎明之时的景象。而在海南，则与此不同，王文诰指出：“六月二十日海外之二、三鼓时，则参已早见矣。”这句诗写了景，更写了人。一是表明“欲三更”，黑夜已过去了一大半；二是表明天空是晴朗的，剩下的一小半夜路也不难走。因此，这句诗调子明朗，可见当时诗人的心境。而在此之前，还是“苦雨终风”，一片漆黑。连绵不断的雨叫“苦雨”，大风叫“终风”。这一句紧承上句而来。诗人在“苦雨终风”的黑夜里不时仰首看天，终于看见了“参横斗转”，于是不胜惊喜地说：“苦雨终风也解晴。”
三、四两句，就“晴”字作进一步抒写。“云散月明”，“天容”是“澄清”的；风恬雨霁，星月交辉，“海色”也是“澄清”的。这两句，以“天容海色”对“云散月明”，仰观俯察，形象生动，连贯而下，灵动流走。而且还用了句内对：前句以“月明”对“云散”，后句以“海色”对“天容”。这四句诗，在结构方面又有共同点：短句分两节，先以四个字写客观景物，后以三个字表主观抒情或评论。唐人佳句，多浑然天成，情景交融。宋人造句，则力求洗练与深折。从这四句诗，既可看出苏轼诗的特点，也可看出宋代诗的特点。
三、四两句看似写景，而诗人意在抒情，抒情中又含议论。就客观景物说，雨止风息，云散月明，写景如绘。就主观情怀说，始而说“欲三更”，继而说“也解晴”；然后又发一问：“云散月明”，还有“谁点缀”呢？又意味深长地说：“天容海色”，本来是“澄清”的。而这些抒情或评论，都紧扣客观景物，贴切而自然。仅就这一点说，已经是很有艺术魅力的好诗了。
然而上乘之作，还应有言外之意。三、四两句，写的是眼前景，语言明净，不会让读者直接觉得得用了典故。但仔细寻味，又“字字有来历”。《晋书·谢重传》载：谢重陪会稽王司马道子夜坐，“于时月夜明净，道子叹以为佳。重率尔曰：‘意谓乃不如微云点缀。’道子戏曰：‘卿居心不净，乃复强欲滓秽太清耶？’”（参看《世说新语·言语》）“云散月明谁点缀”一句中的“点缀”一词，即来自谢重的议论和道子的戏语，而“天容海色本澄清”则与“月夜明净，道子叹以为佳”契合。这两句诗，境界开阔，意蕴深远，已经能给读者以美的感受和哲理的启迪；再和这个故事联系起来，就更能让人多一层联想。王文诰就说：上句，“问章惇也”；下句，“公自谓也”。“问章惇”，意思是：你们那些“居心不净”的小人掌权，“滓秽太清”，弄得“苦雨终风”，天下怨愤。如今“云散明月”，还有谁“点缀”呢？“公自谓”，意思是：章惇之流“点缀”太空的“微云”既已散尽，天下终于“澄清”，强加于他的诬蔑之词也一扫而空。冤案一经昭雪，他这个被陷害的好人就又恢复了“澄清”的本来面目。从这里可以看出，如果用典贴切就可以丰富诗的内涵，提高语言的表现力。
五、六两句，转入写“海”。三、四句上下交错，合用一个典故；这两句则显得有变化。
“鲁叟”指孔子。孔子是鲁国人，所以陶渊明《饮酒诗》有“汲汲鲁中叟”之句，称他为鲁国的老头儿。孔子曾说过“道不行，乘桴浮于海”（《论语·公冶长》），意思是：我的道在海内无法实行，坐上木筏子飘洋过海，也许能够实行吧！苏轼也提出过改革弊政的方案，但屡受打击，最终被流放到海南岛。在海南岛，“饮食不具，药石无有”，尽管和黎族人民交朋友，做了些传播文化的工作；但作为“罪人”，是不可能谈得上“行道”的。此时渡海北归，回想多年来的苦难历程，就发出了“空余鲁叟乘桴意”的感慨。这句诗，用典相当灵活。它包含的意思是：在内地，他和孔子同样是“道不行”。孔子想到海外去行道，却没去成；他虽然去了，并且在那里呆了好几年，可是当他离开那儿渡海北归的时候，却并没有什么“行道”的实绩值得他自慰，只不过空有孔子乘桴行道的想法还留在胸中罢了。这句诗，由于巧妙地用了人所共知的典故，因而寥寥数字，就概括了曲折的事，抒发了复杂的情；而“乘桴”一词，又准确地表现了正在“渡海”的情景。“轩辕”即黄帝，黄帝奏乐，见《庄子·天运》：“北门成问于黄帝曰：‘帝张咸池之乐于洞庭之野，吾始闻之惧，复闻之怠，卒闻之而惑；荡荡默默，乃不自得。’”苏轼用这个典，以黄帝奏咸池之乐形容大海波涛之声，与“乘桴”渡海的情境很合拍。但不说“如听轩辕奏乐声”，却说“粗识轩辕奏乐声”，就又使人联想到苏轼的种种遭遇及其由此引起的心理活动。就是说：那“轩辕奏乐声”，他是领教过的；那“始闻之惧，复闻之怠，卒闻之而惑”，他是亲身经历、领会很深的。“粗识”的“粗”，不过是一种诙谐的说法，口里说“粗识”，其实是“熟识”。
尾联推开一步，收束全诗。
“兹游”，直译为现代汉语，就是“这次出游”或“这番游历”，这首先是照应诗题，指代六月二十日夜渡海；但又不仅指这次渡海，还推而广之，指自惠州贬儋县的全过程。1094年（绍圣元年），苏轼抵惠州贬所，不得签书公事。他从1097年（绍圣四年）六月十一日与苏辙诀别、登舟渡海，到1100年（元符三年）六月二十日渡海北归，在海南岛渡过了三个年头的流放生涯。这就是所谓“兹游”。下句的“兹游”与上句的“九死南荒”并不是互不相承的两个概念，那“九死南荒”，即包含于“兹游”之中。不过“兹游”的内容更大一些，它还包含此诗前六句所写的一切。
弄清了“兹游”的内容及其与“九死南荒”的关系，就可品出尾联的韵味。“九死”，多次死去的意思。“九死南荒”而“吾不恨”，是由于“兹游奇绝冠平生”，看到了海内看不到的“奇绝”景色。然而“九死南荒”，全出于政敌的迫害；他固然达观，但也不可能毫无恨意。因此，“吾不恨”毕竟是诗的语言，不宜呆看。这句既含蓄，又幽默，对政敌的调侃之意，也见于言外。