此诗交代其现阻风遇雪，只能等待明晨逆流行船，且追忆昨日玄武湖、今朝白门之游。“清晨西北转，薄暮东南吹”两句不仅从大处落笔，描写了潮水涨落和风云的变幻莫测，而且也暗示了诗人难以继续前行的无奈和失落。“难”，“转，“相思””，诗人将真实的感情蕴于其中。追忆昨日玄武湖、今朝白门之游，表面上描写诗人游玩之尽兴，以反衬诗人不能与友人相会而思念友人。表达了诗人飘零孤苦的情怀和思念友人之情。全诗景情交融，意蕴深厚。
诗的开头两句描写风浪太大，难于扬帆行舟，与友人相会的时间恐怕难以确定了，暗示了对友人的思念之情更加强烈。
中六句借景物变化迅速，喻时光易逝。诗中的“北湖”、“白门”、都是南京地名，并且强调了玄武湖的梅花的盛开姿态，高洁秀雅，花色浓淡相宜。诗人描写海月被风吹破明洁的圆影，茭白也已经生满了吹水塘池；想像刚刚开放的梅花清幽而淡雅；还有东门的杨柳，满是夹道下垂的青丝。从“昨日”到“今朝”，暗示了诗人充实的行程和美好的游历，“梅花”和“杨柳”，则渲染出了玄武湖优美的景色和金陵的独特杨柳。洋溢着浓厚的生活气息，给人自然、亲切之感，同时也透露出诗人玄武湖和金陵的景色的喜悦、悠闲之情。
后两句意为：我通夕不寐，新林浦天已黎明，但风浪太大，未能平息，只好空吟着谢眺的诗句。“空”字用得恰到妙处，表达了诗人对难以预料的风雨的无可奈何，增添了全诗的思念之情，使主题更加鲜明。且追忆昨日玄武湖、今朝白门之游，诗人对如此美丽的景色已是无心观赏了，只想与友人相会。抒发了作者飘零孤苦的情怀和思念友人之情。
有人将《芙蓉曲》解释为婉言进谏的政治隐喻诗，也有人认为此诗暗含感伤身世、知音未遇等意义。对于现代的读者来说，只将这首诗视为一首丽情乐府，分析和领略它的意境和艺术风格，也无不可。自古以来，尤其是南北朝乐府里，有诸多作品描写江南采莲这一风俗，以及由此而衍发的采莲人的各种情思。萨都剌这首《芙蓉曲》继承前人乐府诗之风，以芙蓉起兴，描写水乡女子触景生情，哀伤青春易逝。
诗的首联描写了秋日江上的芙蓉和江上荡舟的女子。江上芙蓉盛开的美景，与女子的断肠愁思相对举，两相映衬。
颔联两句进而描写秋江女儿的生活：温暖的春日里，她穿着一袭红衣，看护着满江的荷叶；秋日暮色里，她的翠色长袖和荷叶一起迎着凉风翻飞飘扬。“绛袍”和“翠袖”都是秋江女儿的穿着，这两种颜色又分别是芙蓉花和叶的颜色，暗示着人与花的关联，人如花，花似人。“春浅”、“日暮”相对，意为秋江女儿与芙蓉从春到秋、从晨至暮始终相依相伴。“翠袖日暮迎风凉”，很容易联想到杜甫《佳人》诗的最末两句“天寒翠袖薄，日暮倚修竹”。《佳人》描写的是一位居住在空谷中躲避战乱的女子，亲人已死，夫婿又抛弃她娶了新人。“但见新人笑，哪闻旧人哭”，是旧时女子最凄惨的爱情悲剧。这就隐隐透露出秋江女儿愁思的根源了。
颈联描写了江波，落叶等寒秋之景。从屈原“袅袅兮秋风，洞庭波兮木叶下”（《九歌·湘夫人》）开始，洞庭秋叶萧萧飘坠成为寒秋初至的鲜明标志。萨都剌化用这一典故，点出江上季节的变化。树木凋零，令人触景生情：木已如此，那比树木还娇嫩的莲花又该如何抵挡季节的摧残。
尾联说秋江女儿面对满江盛开的莲花，因为爱惜这娇艳的花朵，不忍心划桨荡舟，唯恐碰伤了芬芳美丽的鲜花，更不愿意采折。这一片爱花惜花之心，也回答了诗的开篇提出的悬念：秋江女儿对着正盛开的芙蓉“将断肠”呢，原来是因为看到芙蓉盛放，正是最美的时候，但秋季也已来临，花朵马上就要凋落；娇艳只是短暂的，美丽并不能持久，这就是爱惜芙蓉的秋江女儿的哀叹。芙蓉尚有秋江女儿来爱护，秋江女儿却无人来怜惜。由花及人，秋江女儿对着满江云霞般的芙蓉，自然愁思无限。整首诗情感的展示非常细腻曲折。
这首诗是萨都剌乐府诗的代表作。与萨都剌交情颇好的元代诗人杨维桢曾这样评价好友：“天锡诗风流俊爽，修本朝家范。宫词及《芙蓉曲》，虽王建、张籍无以过矣。”把这首《芙蓉曲》的成就与王建、张籍等人的诗歌相提并论，是一个很高的评价。
诗的风格清丽婉转，以芙蓉起兴，曲折反复地表达了秋江女儿的心曲，她面对盛放的芙蓉以及萧萧落木，触景生情，产生了花木凋零、红颜易老、青春美丽无法永驻的愁思。在这里，花即是人，人亦是花，秋江女儿与秋江芙蓉两种意象是重叠在一起的。在女子发出的对花的哀叹和惋惜中，揭示了最盛之时即是衰败之始的道理。这首诗风格绮丽，但不俗艳；善于化用前人的诗句意境，但不生硬，具有较高的艺术技巧和艺术感染力。作者用清丽的文笔，捕捉少女若有若无的心思：由伤花之凋零，到哀伤自己青春的易逝；由没有惜花之人，到自己没有知己的自怜自惜。似哀怨，又似期待，余韵悠然，耐人寻味。
