作者以鲜明生动的笔触，描绘了石门山壮丽秀美的自然景色，表达了托病辞官后归隐的志趣，全文可分为二层。
第一层是第一句。作者以叙事开篇，交代了自己上个月归隐一事。为什么要归隐呢？作者没有明说，但“谢病”和“觅”已清楚地表明他是托病辞官，是自寻归隐的。由此可见他对官场的厌恶，对政治的失望，这为下文作者尽态极妍地描写景物蓄势和张本。
第二层从第二句开始一直到最后。这一层主要描绘石门山的景色，表达了作者归隐后自得其乐的情趣。作者先交代了石门山的位置，接下运用神奇的想象力，巧妙地由静态转化为动态，从而写出石门山山高谷翠的景色特点：阴森森的峭壁直立天空，连接红霞；之零零的山峰高高耸立，遮挡太阳；幽邃的山洞里掩藏着白云；深深的溪谷旁青草丛生，绿树纷披。在这里，作者运用了一系列的动词，赋予石门山以生命活力，启发我们丰富的联想。同时，作者还绘声绘色，把山中描写成一个音乐的世界：溪流的淙淙声，鸣蝉的吟唱声，云鹤的叫唳声，猿猴的哀啼声，交织在一起，“英英相杂，绵绵成韵”，组成了优美的山林交响曲。作者铺写山中的各种声音，表面上看似热闹，其实却是以闹写静，显示出山高无人的幽静，这个地方，对于“素重幽居”的作者来说，自然是一个好去处，因而他“葺宇其上”。可见，作者选择这里幽居的理由是，高山的幽静契合了他想避开喧嚣浮繁尘世生活的淡泊宁静的心境，而漫山的菊花，遍地的竹实，不仅增添了这份幽静，而且，通过夸张地描绘这些芳洁美好的自然物,来美化诗人自己的品格，构成崇高完美、超然出俗的典型形象。“智者乐水，仁者乐山”，用“仁智者”自比，不言而喻。总之，这段写景是为了表达“归隐”的思想。这是意脉，围绕这意脉，作者濡笔山林。而山林是作者隐居的生活环境，作者描写它，赞美它，正是表达了他摆脱了官场的羁绊所获得自由的满足和隐居的乐趣。意境鲜明，情趣盎然。
从表达方式看，文章先叙述，再写景，在写景中穿插了叙述，最后抒情，自由灵活。从描写景物的方法看，文章动静结合，以动写静，以动衬静，给我们耳目一新的感觉。从修辞手法来看，有排比，有对偶，有拟人，手法多样。这篇文章的语言很精炼，极有表现力。如“争”字给人一种向上的气势，“限”字显示阻挡的威力，“办”字流露出心理上的满足。这些字都可以以一当十，足见作者遣词的功底非常深厚。
本文起始既紧扣作亭之缘起，而后宕开笔墨写孙莘老泽惠百姓的政绩，然后才归入正题，发挥议论，推衍出“知命者，必尽人事，然后理足而无憾”的道理，并进而言及养生与治国之道。 文章从小题目引出大议论，立意高远，富于哲理。
这篇记文一共分为三段。
第一段点题，记孙莘老建墨妙亭的时间、地点和用意，“取凡境内自汉以来古文遗刻以实之”。也就是诗中所写的“吴兴太守真好古，购买断缺挥缣缯”。孙莘老喜好书画金石，所以不惜花大钱购买古代碑刻，以藏于墨妙亭中。
第二段记述孙莘老搜罗碑刻用力之勤，但不是平铺直叙，而是层层转折，跌宕起伏。第一层写已往的吴兴太守向来政务悠闲。因为其地“山水清远”，其民“寡求而不争”，外地客人“非特有事于其地不至焉”。社会安定，民事不多，宾客少有，清静无为，“故凡守郡者，率以风流啸咏、投壶饮酒为事”。真是悠悠岁月，其乐无穷。如此悠闲之地，孙莘老自然有充余时间去搜罗碑刻了。
第二层，忽然宕开一笔，写孙莘老勤政爱民、抗洪救灾： “自莘老之至，而岁适大水，上田皆不登，湖人大饥，将相率亡去。莘老大振廪劝分，躬自抚循劳来，出于至诚。”奔波以救灾民，无暇而顾碑刻。又加之朝中正推行新法，使者频繁往来“以为莘老当日夜治文书，赴期会，不能复雍容自得如故事”。这一层转折使文章顿起波澜，跌宕多姿。这是以退求进、欲擒故纵的写法，起到了有力的衬托作用。
第三层，又一转折，归到正题：“而莘老益喜宾客，赋诗饮酒作乐，又以其余暇，网罗遗逸，得前人赋咏数百篇，以为《吴兴新集》，其刻画尚存而僵仆断缺于荒陂野草之间者，又皆集于此亭。”莘老在政事之余，尽力搜罗前人诗赋、碑刻。凡是尚存文字的碑刻，即使被抛在荒坡野草之间、僵仆的、断缺的均一概收罗无遗，“皆集于此亭”，照应前文“取凡境内自汉以来故遗刻以实之”的记述中心，写出孙莘老好古之心切，搜罗之勤奋。苏轼至湖州，见到这些碑刻“周览叹息”，坚硬之碑刻尚且断缺，令人叹息。这句承上启下，由断缺的碑刻引出第三段的议论。
“或以谓余，凡有物必归于尽，而恃形以为固者，尤不可长，虽金石之坚，俄而变坏，至于功名文章，其传世垂后，乃为差久，今乃以此托于彼，是久存者反求助于速坏。”“物必归于尽”一句，画龙点睛，是全文的主旨。一切事物都要归于消亡，依靠自己形体坚固的物体，更是不能长久。即使是坚硬的石碑，很快也会毁坏。相比之下，功名文章流传后世，倒是长久的。把文章刻在石碑上，想长久流传，乃适得其反，“是存者反求助于速坏”。这已经是前人的胡涂，孙莘老建亭以藏碑刻，“其无乃几于不知命也夫”。作者认为莘老的作法是“不知命”。孙莘老不知命，指他不知天命，即不知道自然界和人类社会的规律。“余以为知命者，必尽人事，然后理足无憾。物之有成必有败，譬如人之有生必有死，而国之有兴必有亡也。”这几句进一步具体阐明“物必归于尽”的论点，用相反相成的观点论述了成与败、生与死、兴与亡的辩证关系。
作者深受道家思想影响，对老子的辩证法有着深刻的理解，他总是抓住事物对立统一的矛盾双方关系来阐明自己的主张，确实是一个真正的“知命”者。以其知命，故能乐天。以其乐天，故能置生死、穷达、得失、祸福于度外，看穿忧患，顺应自然，超脱利害，旷达乐观。但作者毕竟又是一个通三教之变，成一家之言的文人，他“奉儒家而出入佛老，谈世事而颇作玄思”，本于儒而不囿于儒，谈佛老也不囿于佛老。所以文章接着又写道：“虽知其然，而君子之养身也，凡可以久生而缓死者无不用；其治国也，凡可以存存而救亡者，无不为，至于无可奈何而后已。”以道养身，以儒治国，儒道互补，相互为用。
通观全文，第一、二段记叙，第三段议论。记叙为议论作铺垫，议论是记叙的升华。记叙层层转折，跌宕多姿；议论精辟警策，纵横开阖，汪洋恣肆，一唱三叹，特别是辩证法的运用，熟练而深刻，提高了文章的思想水平，发人深思，耐人寻味。