这是一首怀古诗。诗的首联点出怀古之地；颔联用往昔的繁华，来突出今日的荒凉残败；颈联由写景物转入写人事；尾联发出诘问，批判晚明统治者不能吸取六朝兴亡的深刻教训，致使国破家亡、重蹈历史覆辙。全诗言筒意深，蕴含丰富，寓情于景，真切动人。
首联运用“工对”之“地名对”起，既点出怀古之地，又写出南京形胜：“牛首开天阙，龙冈抱地宫。”十个字对偶工稳精整，而景象又雄奇壮阔。一“开”一“抱”两个动词，用得也十分形象有力，极见炼字之功。两句诗把南京为帝王之都的山形地势，突兀地展现在读者面前，从而为下面进入怀古预先作了有力的铺垫。
“六朝春草里，万井落花中。”颔联两句运用当句对比手法，把往昔“六朝”、“万井”同今日“春草”、“落花”加以对照，从而用往昔之繁华，来突出今日之荒凉残败，以见人世沧桑巨变，语极沉郁。“春草”、“落花”，形容现在城市之衰败残破，好像现在整个南京到处都是杂草丛生，野花飘零。过去作为六朝古都的南京不胜繁华，而今日却残破不全，一种“过春风十里，尽麦青青”（《扬州慢·淮左名都》）的黍离之悲便油然而生。诗人写这种内心悲痛的感受，却又显得毫不粘滞，似乎是随意地把古之历史、当时城市人口情况，同现在的春草、落花并列在一起，而让对比鲜明的形象，自己来透露朝代兴废的瞬息万变。“六朝”、“万井”又有双重意义，暗中亦指南明，南明小朝廷亦建都南京。南京经清兵的掳掠烧杀后，已是满目疮痍，一派凋敝景象。十几年后，诗人到此，断垣残壁犹在，不禁悲慨万分，因而借用怀古之情以喻伤今之意。所以，这两句诗言虽少而意却多。
“访旧乌衣少，听歌玉树空。”颈联两句推进一步，由写景物转入写人事。乌衣巷是六朝繁华之象征，《玉树后庭花》曲是六朝亡国之象征。这里，乌衣用以代指南明时朝中之显贵，玉树则用以暗指南明福王朱由崧荒淫误国的丑行。福王朱由崧在清兵大军压境的情况下，不思进取，纵情声色，选优排戏，完全置国家社稷于不顾，最后落得国破身亡，“临去秋波泪数行”（孔尚任《桃花扇·余韵》）的下场。两句诗均有话外暗示之音：拜访旧时之显贵，现在人已无多；而过去笙歌迭唱的舞榭歌台，现已人去楼空，微微透露了南明小朝廷之覆亡。这一联中，诗人以“少”和“空”来概括“访旧”和“听歌”的结果，可见现在人事已非，用得十分准确贴切。尤其是“空”字，更显现出一种空虚渺茫之感。
古之六朝，今之南明，均遭到社稷倾覆、江山易主的惩罚，这使诗人不能不对这种历史悲剧疾首蹙额，怅恨不已，故诗人在尾联里，发出似乎不可理解的慨叹。“尽”字表示有亡国恨者不仅仅是六朝，也包含了南明。这两句既反映了诗人内心深沉的悲痛，也表现了作者对明王朝的眷恋之情。
历朝历代都不乏咏秣陵之作，但大都以历史的旁观者身份进行创作。有的是总结教训，指出险不足恃，如刘禹锡《金陵怀古》诗：“兴废由人事，山川空地形”；有的是叹息世事如梦，如韦庄《台城》诗：“江雨霏霏江草齐，六朝如梦鸟空啼。”此诗则不然。作为明室遗民，屈大均直接目睹和经历了改朝换代的历史变迁。这种天翻地覆的变化，对一位有爱国思想的诗人来说，是不堪忍受的。因此，诗人不是把自己作为历史的旁观者，而是以历史变迁中的受屈辱者的身份，写个人切肤之痛，故情真意切，感人良深。
此诗以写南京为帝王之都始，而以哀叹一个朝代接一个朝代的帝王覆亡终。其写法上最大的特点，是把写景、怀古和抒情融为一体，而于怀古之中又暗藏伤今之绪，亦怀古亦伤今。无论是写景、叙事、抒情，均寓有深层的意蕴，却又浑然无迹，藏而不露，使诗增添了无限的情韵。
“乱世英雄起四方，有枪就是草头王”，正是中国封建社会动乱年代的生动写照。公元881年（唐僖宗中和元年），黄巢起义军占领长安，銮舆西迁。各地地方军阀、地主武装拥兵自重并趁乱抢夺财物，迫害人民，到处发生着流血恐怖事件。在这些“乱世英雄”心中，天理，王法，朝廷命官等，全都不算回事。韦庄《秦妇吟》就写过官军的纵暴：“自从洛下屯师旅，日夜巡兵入村坞。匣中秋水拔青蛇，旗上高风吹白虎。入门下马若旋风，罄室倾囊如卷土。”而当年杜荀鹤旅途停舟于池州（今安徽贵池。唐时一称秋浦郡），遇郡中发生兵变，郡守被乱军逐出，恐怖覆盖秋浦。诗人目睹这一切，忧心如焚。“诗可以怨”，或者说“愤怒出诗人”。他写了这篇《旅泊遇郡中叛乱示同志》，留下了宝贵的历史见证。
“握手相看谁敢言，军家刀剑在腰边。”诗人落笔就描绘了郡中叛乱后的恐怖世相。人们握手相看，道路以目，敢怒而不敢言，这是一种极不正常、极为压抑的情况。对于它的原因，只轻轻一点：“军家刀剑在腰边”，“在腰边”三字极妙，暴力镇压的威慑，不待刀剑出鞘，已足以使人侧目。乱军的跋扈，百姓的恐慌，诗人的不安，尽在不言之中。这种开门见山的作法，使人感到这诗不是写出来的，而是按捺不住的激发。
“徧（遍）搜宝货无藏处，乱杀平人不怕天。”二句承上“军家刀剑”，直书乱兵暴行。他们杀人越货，全是强盗的行为。其实强盗还害惧王法，还不敢如此明火执杖，肆无忌惮。“平人”即平民（避太宗名讳改“民”为“人”），良民，岂能杀？更岂能乱杀？“杀”字前着一“乱”字，则突出行凶者面目的狰狞，罪行的令人发指。“不怕天”三字亦妙，它深刻地写出随着封建秩序的破坏，人的思想、伦常观念也混乱了。正常时期不怕王法的人，也应怕天诛。但天子威风扫地的末世，天的权威也动摇了，恶人更成“和尚打伞”，为所欲为。
更有甚者：“古寺拆为修寨木，荒坟开作甃城砖”（甃音zhòu，用砖砌造），拆寺敞坟，在平时会被视为极大的罪孽，恶在不赦，此时却发生在青天白日下。战争造成大破坏，于此也可见一斑，参阅以《秦妇吟》“采樵斫尽杏园花，修寨诛残御沟柳”，尤觉真切。诗人通过搜宝货、杀平人、拆古寺、开荒坟等时事，生动地表现了满目疮痍的社会情况，同时也表现了对乱军暴行的咬牙切齿。
现实很残酷，问题很多，然而诗人不知道应该怎么办。他也老老实实承认了这一点：“郡侯逐出浑闲事，正值銮舆幸蜀年。”这像是无可奈何的叹息，带着九分伤心和一分幽默：这种局面，连一方“诸侯”的刺史都毫无办法。不但无法，他还自身难保，让“刀剑在腰边”的乱军轻易地撵了，全不当回事儿。不但郡守如此，皇帝老官也自身难保，被黄巢、尚让们赶出长安，也全不算回事了。“銮舆幸蜀”，不过是好听一点的说就而已。诗末的潜台词是：如今皇帝蒙尘，郡守被赶，四海滔滔，国无宁日。你我同仁空怀忧国忧民之诚，奈何无力可去补苍天。只好写下这一页痛史，留与后人评说吧。
