此诗的主旨，历来有两种相反意见。《毛诗序》云：“《鳲鸠》，刺不一也。在位无君子，用心之不一也。”朱熹《诗集传》则云：“诗人美君子之用心平均专一。”方玉润《诗经原始》对于上二说基本同意朱熹说，而亦不废《诗序》说之一端，取调和态势。方氏云：“诗中纯美无刺意”，“诗词宽博纯厚，有至德感人气象。外虽表其仪容，内实美其心德”，“回环讽咏，非开国贤君未足当此。”又云：“后人因曹君失德而追怀其先公之德之纯以刺之。”第四章眉评亦云：“全诗皆美，唯末句含讽刺意。”忽而“美”，忽而“刺”，自相矛盾，很难自圆其说。此诗从字面传达的信息来看，确实是颂扬“淑人君子”而无刺意。但文学作品由于欣赏理解角度不同，若说此诗反面文章正面做，那当然也可备一说。
诗四章，都以鳲鸠及其子起兴，实包含两层意思。一是鳲鸠即布谷鸟，该鸟仁慈，“布谷处处催春耕”，裨益人间。又喂养众多小鸟，无偏无私，平均如一。《诗集传》谓：“（布谷鸟）饲子朝从上下，暮从下上。”就是这个意思。所以《左传·昭公十七年》载：“鳲鸠氏，司空也。”杜预注：“鳲鸠平均，故为司空，平水土。”二是“鳲鸠在桑”，始终如一，操守不变，正以兴下文“淑人君子”“其仪一兮”、“其仪不忒”的美德，与那些小鸟忽而在梅树，忽而在酸枣树，忽而在各种树上的游移不定形成鲜明对照。小鸟尚未成熟，故行动尚无一定之规。因此，各章的起兴既切题旨又含义深长。
各章起兴之后，即转入对“淑人君子”的颂扬。首章就仪表而言，“如一”谓始终如一地威仪棣棣，包括庄重、整饬等，而不是指老是同一单调服饰。关于这一点，《诗集传》引“陈氏曰”解说得很好：“君子动容貌斯远暴慢，正颜色斯近信，出辞气斯远鄙倍。其见于威仪动作之间者，有常度矣。”仪表从表面看仅是人的外包装，其实质则是人的心灵世界的外露，由表及里，首章也赞美了“淑人君子”充实坚贞稳如磐石的内心世界。次章举“仪”之一端，丝带、缀满五彩珠玉的皮帽，将“仪”之美具体化、形象化，让人举一反三，想像出“淑人君子”的华贵风采。
如果说一、二章是颂“仪”之体，则三、四章是颂“仪”之用，即内修外美的“淑人君子”对于安邦治国佑民睦邻的重要作用。三章的“其仪不忒”句起到承上启下的转折作用，文情可谓细密。四章的末句“胡不万年”，则将整篇的颂扬推至巅峰，意谓：这样贤明的君王，怎不祝他万寿无疆？对于一个暴君昏主，人们是不会如此祝釐的。因此《诗集传》谓此句为“愿其寿考之词也”，其实不错，反观方玉润谓此句“含讽刺意”，似乎有点牵强。
从标题看，这首诗是记游之作。记游诗可以写景状物，也可以因景生发，别有寄托，内容是不可限止的。如果说唐人的记游诗多强调图形绘影，情寓景中，宋人的记游诗多注重借景生发，述志明理。那么，这首诗则正是符合后一特点的。
“寺里”一联，两句各写一种景观。前一句虚出，后一句实录，构成形象鲜明的对比。但二者所写的对象又是同一的，这样就把花山寺“名”与“实”相离的现状突出了。生活中名实不符的事常有之，但诗人所见所写的情况也实在太刺眼，这就使人读了这两句诗后不能不激动，激动的同时也必然要想：寺名是因为寺里山中有花才得，而眼前却无花可赏，必然会引起人们思索玩味的兴趣，于是，作为一首诗的“发人深思"的艺术目的，也就自然实现了。作者当然是有着自己的答案的。他显然深信命名之谬，寺里和山中本来是确实有花的，之所以“繁英不见草纵横”，是因为有主、客观两方面的原因。从客观上说，“花易凋零草易生”，这是自然界的客观规律，所谓“野火烧不尽，春风吹又生"（白居易《古原草》），正是有感于它的旺盛的生命力。俗语说：“有心栽花花不发”，也正是对种花不易的真实感叹。无疑，从主观上说，是“栽培剪伐”不“勤力”，助长了草势的疯狂，而且从诗人对这两句次序的安排上看，显然是特别强调人的主观原因的。草本无罪，剪伐不力则是无可推卸的责任。
不过，诗人在作出这一结论的时候，情感色彩却并不十分强硬，因为诗没有说“为何剪伐不尽力”，而是既讲到对草要“剪伐”，又讲到对花要“栽培”，中间加一个“须"字，就把他对剪伐不力的愤懑，变为必须要剪伐的规劝，因此，惋惜大于愤慨，警告少于劝诫的这种感情色彩，就表明了诗人在诗歌创作中，是遵循着传统的“明劝诫，著升沉”（南齐·谢赫《古画品录》）和“美刺"的美学思想和原则的。
这是结合诗人具体的经历和思想所作出的思想内容上的理解。但是，由于这首诗毕竟是从自然景观的描写而来，从社会生活的现象而来，所以这首诗的思想内容，又不仅限于社会政治方面。尽管也可以把诗中的“花”理解为贤臣，“草”，理解为奸佞，因而说诗的题旨是对革新除弊的企望。因此，从这方面来看，这首诗就不是一般的政治诗，而是对生活中某一方面的经验进行了深刻总结的具有相当的哲理的醒世诗。