从标题看，这首诗是记游之作。记游诗可以写景状物，也可以因景生发，别有寄托，内容是不可限止的。如果说唐人的记游诗多强调图形绘影，情寓景中，宋人的记游诗多注重借景生发，述志明理。那么，这首诗则正是符合后一特点的。
“寺里”一联，两句各写一种景观。前一句虚出，后一句实录，构成形象鲜明的对比。但二者所写的对象又是同一的，这样就把花山寺“名”与“实”相离的现状突出了。生活中名实不符的事常有之，但诗人所见所写的情况也实在太刺眼，这就使人读了这两句诗后不能不激动，激动的同时也必然要想：寺名是因为寺里山中有花才得，而眼前却无花可赏，必然会引起人们思索玩味的兴趣，于是，作为一首诗的“发人深思"的艺术目的，也就自然实现了。作者当然是有着自己的答案的。他显然深信命名之谬，寺里和山中本来是确实有花的，之所以“繁英不见草纵横”，是因为有主、客观两方面的原因。从客观上说，“花易凋零草易生”，这是自然界的客观规律，所谓“野火烧不尽，春风吹又生"（白居易《古原草》），正是有感于它的旺盛的生命力。俗语说：“有心栽花花不发”，也正是对种花不易的真实感叹。无疑，从主观上说，是“栽培剪伐”不“勤力”，助长了草势的疯狂，而且从诗人对这两句次序的安排上看，显然是特别强调人的主观原因的。草本无罪，剪伐不力则是无可推卸的责任。
不过，诗人在作出这一结论的时候，情感色彩却并不十分强硬，因为诗没有说“为何剪伐不尽力”，而是既讲到对草要“剪伐”，又讲到对花要“栽培”，中间加一个“须"字，就把他对剪伐不力的愤懑，变为必须要剪伐的规劝，因此，惋惜大于愤慨，警告少于劝诫的这种感情色彩，就表明了诗人在诗歌创作中，是遵循着传统的“明劝诫，著升沉”（南齐·谢赫《古画品录》）和“美刺"的美学思想和原则的。
这是结合诗人具体的经历和思想所作出的思想内容上的理解。但是，由于这首诗毕竟是从自然景观的描写而来，从社会生活的现象而来，所以这首诗的思想内容，又不仅限于社会政治方面。尽管也可以把诗中的“花”理解为贤臣，“草”，理解为奸佞，因而说诗的题旨是对革新除弊的企望。因此，从这方面来看，这首诗就不是一般的政治诗，而是对生活中某一方面的经验进行了深刻总结的具有相当的哲理的醒世诗。
此诗描绘了巳上人居处的僻静，环境的优美，对他的品格和才学予以赞叹。巳上人住在僻静的林间茅庵里，池上的白莲迎风而舞，像鹭鸶羽毛般轻盈。岩畔天门冬飘拂着青青的丝蔓。走过悠长而狭窄的林间小径，来到山的幽密深处，一间并不张扬的茅屋突然出现眼前，像是进入世外桃源的先兆一般，顿时使心胸为之豁然开朗。
杜甫来到这里不觉诗兴大发。小心翼翼，怀着崇敬的心情，缓缓步入屋内，置身其中，心中的诗情被无端地撩拨，一首新诗似乎将随之喷薄而出。那安卧于寂静林间的枕席，在绿树掩映下，似乎也带着葱茏的生意。主人置枕簟于林下，留他消夏，喝茶吃瓜，一坐就是大半天。茶叶与各种瓜果，就地取材，应有尽有，此刻以特殊的形式在小巧的木桌上栖息。品茶餐果，享用天然，被世俗浸润已久的心灵，正被一丝丝唤醒，自然以最简单和质朴的方式昭示了其原初的存在，它的美好充满芳香。不远处溪流淙淙而过，习习的凉风，扑面而来，使原本激越的心瞬间变得沉静。
圣洁的莲花在风中摇曳，恰似挥着白羽的智者，在指点人生的迷津。天门冬，山间随处可见的藤蔓植物，随心尽兴，伸展着长长的绿色手臂，尽情将青翠挥洒。作为后学，陪侍巳公左右，说道谈玄，内心忽觉自愧，自己并非是许询那样的人物，而巳公如高僧支遁那样，以超越尘俗的智慧，以清音妙语开解蒙昧的人生《高僧传》载东晋高僧支遁讲《维摩经》，他每通释一义，居土许询无以设难；许询每设一难，支遁也不能再作通释。
杜甫与巳上人谈禅，称赞他造诣很高，简直像支遁一样，而自愧不如许询。这是客套话，但可看出他当时曾与学问僧有过交往，多少也懂得点佛学。