这篇文章可分为两部分：前一部分描写莲花高洁的形象；第二部分则揭示了莲花的比喻义，分评三花，并以莲自况，抒发了作者内心深沉的慨叹。
首句“水陆草木之花，可爱者甚蕃。”选用“可爱”二字，包罗群芳，表明托物寄兴，并不刻意求工，极见其立言斟酌之妙。
接着叙说“晋陶渊明独爱菊”。陶渊明不肯为五斗米折腰，解绶归隐后，饮酒赋诗，安享“采菊东篱下，悠然见南山”的田园逸趣。“独爱菊”，显示渊明雅致芬芳，傲然物外的性格，而且更加明确了题意：陶渊明可以爱菊抒怀，我怎不可独爱莲呢？
继写“自李唐来，世人甚爱牡丹”，写了唐人，特别是统治阶层“甚爱牡丹”的好尚，这几句像是重复，但实为加深语意也，而且此句入文，让对比感更为强烈，为其求莲之高洁铺下了引子。大意是周敦颐本人独爱莲与晋陶渊明的爱菊避世不同，为保持一份高洁，宁愿终老南山。他要在尘世中当个出淤泥而不染的君子。这种在污世保持清白与独自避世求真的心态，与众人皆羡富贵的从众心态是有着思想境界上本质的区别的。这为爱莲说所要表达的“出淤泥而不染”作了最好的铺垫。
然后作者撇开一笔说，让那些人爱其所爱吧，“予独爱莲之出淤泥而不染，濯清涟而不妖，中通外直，不蔓不枝，香远益清，亭亭净植，可远观而不可亵玩焉”。这一连串铺叙，对莲花挺拔秀丽的芳姿，清逸超群的美德，特别是可敬而不可侮慢的嵚崎磊落的风范，作了有力的渲染。这几句隐喻作者本身具有“出淤泥而不染，濯清涟而不妖”的高尚品格。实际上，他说的意思就是：官场黑暗，要在官场上保持自己高洁的品格，就如同莲花出淤泥而不染那么难。这也是他为官的经验总结，因为他不想同流合污。而“濯清涟而不妖”，不过是作者的一种良好愿望罢了。他为官正直，数洗冤狱，为民作主；晚年定居庐山，著书明道，洁身自爱，颐养天年，便是身体力行，澹泊明志的体现。这正是这篇小品能给人思想情趣以深切感染的着力之处。
接下来，作者对三种花象征的不同性格进行了比较和品评：“予谓菊，花之隐逸者也；牡丹，花之富贵者也；莲，花之君子者也。”本来，花是不具备人格的，但在作者眼里，莲花近于菊，却不像菊那样清高冷傲，似乎是逃避现实的隐者；它更不像牡丹那样妍丽妖冶，以富贵媚人。莲花出于污浊现实而不受沾染，受清水洗濯而不显妖冶，实为百花丛中的贤君子。另外，莲花又是佛教中的圣物，如来、观音均以莲花为座。唐释道世《三宝敬佛》云：“故十方诸佛，同出于淤泥之浊；三身正觉，俱坐于莲台之上。”作者《题莲》诗也云：“佛爱我亦爱，清香蝶不偷。一般清意味，不上美人头。”与这篇小品参照，情趣相得益彰。
最后，作者评花进而对“爱”也作出评价：“噫！菊之爱，陶后鲜有闻；莲之爱，同予者何人？牡丹之爱，宜乎众矣！”深深地慨叹：当今之世真隐者少，有德者寡，而趋炎附势钻刺富贵之门的小人比比皆是；这莽莽红尘，能有几个志同道合的人，共同去根治这社会痼疾呢？这里先用花进行比喻，让花的特性喻人，虽平淡，但比喻帖切，然后借花喻人，将陶渊明的避世，世人皆追求荣华富贵的心态描写的淋漓尽致。言下虽不免流露出一种孤掌难鸣的哀怨，但意味深长，无情地鞭挞了那些寡廉鲜耻之徒。这里，周敦颐是高傲的，他那种不从众只求纯净的心态，在碌碌尘世中是难能可贵的。他感叹，是因为世风日下，大多数人皆被世事玷染。
作者通过对莲花的爱慕与礼赞，表明自己对美好理想的憧憬，对高尚情操的崇奉，对庸劣世态的憎恶。
此诗最显著的特点是善于抒发诗人内心的矛盾和苦闷，最终以摆脱这种苦闷而展示出诗人乐观向上和积极进取的精神。是可分三段，第一段为前四句。开篇”有时忽惆怅，匡坐至夜分“两句，直接点出积郁于心的”惆怅“。这惆怅虽仅时而出现，但对积极进取、乐观豪爽的诗人来说，却也是非常严重的。为此，他正襟危坐，自夜至明，最后竟不得不用长啸声来加以发泄：”平明空啸咤！“然而，”啸咤“是无济于事的，只不过聊以发泄胸中的不平之气而已，所以用了一个”空“字。”思欲解世纷“，用了战国时鲁仲连的典故。由此可以看出诗人之所以”惆怅“，原因是为了解除安史之乱给国家和人民带来的苦难。这就是全诗的主旨所在。诗中的矛盾和苦闷心情也是产生于这里。
诗的第二个特点便是在积极用世和消极思想的对比之中进行多层次的交叉抒写。这一特点主要体现在诗的第二段。这一段共八句，在揭示诗人内心活动方面较之第一段更加深入具体。”心随长风去，吹散万里云“二句，上承”解世纷“作飞动的描写，用以状写理想与抱负的远大。这是正面的直抒。”羞作济南生，九十诵古文“是反面的对比。就李白看来，面对安史之乱的混乱局面，即使自己已年逾花甲，但也不能像伏生那样，老死于经文之中，于国于民毫无补益。这是一层。”不然拂剑起，沙漠收奇勋“又是一层。这两句承上而言。如果自己不能乘风破浪，实现”济苍生，安黎元“的抱负，那么，也应在国难当头之时，拔剑而起，为统一祖国而建立功勋。这是正面的发挥。”老死阡陌间，何因扬清芬“又是反面的对比。
诗的第三个特点是把古人、友人与自己交织在一起来加以描写。这明显地体现在第三段，即最后四句里边。”夫子今管乐，英才冠三军。“诗人用管仲、乐毅来比喻何昌浩，同时，也是在写自己的怀抱。李白在诗中多次把管仲、乐毅作为自己仰慕和效法的榜样。最后”终与同出处，岂将沮溺群“二句表示，自己将跟何昌浩一样，为国为民干一番事业，而决不能像长沮、桀溺那样做逃避现实的隐士。
