这是一首怀古诗。诗的首联点出怀古之地；颔联用往昔的繁华，来突出今日的荒凉残败；颈联由写景物转入写人事；尾联发出诘问，批判晚明统治者不能吸取六朝兴亡的深刻教训，致使国破家亡、重蹈历史覆辙。全诗言筒意深，蕴含丰富，寓情于景，真切动人。
首联运用“工对”之“地名对”起，既点出怀古之地，又写出南京形胜：“牛首开天阙，龙冈抱地宫。”十个字对偶工稳精整，而景象又雄奇壮阔。一“开”一“抱”两个动词，用得也十分形象有力，极见炼字之功。两句诗把南京为帝王之都的山形地势，突兀地展现在读者面前，从而为下面进入怀古预先作了有力的铺垫。
“六朝春草里，万井落花中。”颔联两句运用当句对比手法，把往昔“六朝”、“万井”同今日“春草”、“落花”加以对照，从而用往昔之繁华，来突出今日之荒凉残败，以见人世沧桑巨变，语极沉郁。“春草”、“落花”，形容现在城市之衰败残破，好像现在整个南京到处都是杂草丛生，野花飘零。过去作为六朝古都的南京不胜繁华，而今日却残破不全，一种“过春风十里，尽麦青青”（《扬州慢·淮左名都》）的黍离之悲便油然而生。诗人写这种内心悲痛的感受，却又显得毫不粘滞，似乎是随意地把古之历史、当时城市人口情况，同现在的春草、落花并列在一起，而让对比鲜明的形象，自己来透露朝代兴废的瞬息万变。“六朝”、“万井”又有双重意义，暗中亦指南明，南明小朝廷亦建都南京。南京经清兵的掳掠烧杀后，已是满目疮痍，一派凋敝景象。十几年后，诗人到此，断垣残壁犹在，不禁悲慨万分，因而借用怀古之情以喻伤今之意。所以，这两句诗言虽少而意却多。
“访旧乌衣少，听歌玉树空。”颈联两句推进一步，由写景物转入写人事。乌衣巷是六朝繁华之象征，《玉树后庭花》曲是六朝亡国之象征。这里，乌衣用以代指南明时朝中之显贵，玉树则用以暗指南明福王朱由崧荒淫误国的丑行。福王朱由崧在清兵大军压境的情况下，不思进取，纵情声色，选优排戏，完全置国家社稷于不顾，最后落得国破身亡，“临去秋波泪数行”（孔尚任《桃花扇·余韵》）的下场。两句诗均有话外暗示之音：拜访旧时之显贵，现在人已无多；而过去笙歌迭唱的舞榭歌台，现已人去楼空，微微透露了南明小朝廷之覆亡。这一联中，诗人以“少”和“空”来概括“访旧”和“听歌”的结果，可见现在人事已非，用得十分准确贴切。尤其是“空”字，更显现出一种空虚渺茫之感。
古之六朝，今之南明，均遭到社稷倾覆、江山易主的惩罚，这使诗人不能不对这种历史悲剧疾首蹙额，怅恨不已，故诗人在尾联里，发出似乎不可理解的慨叹。“尽”字表示有亡国恨者不仅仅是六朝，也包含了南明。这两句既反映了诗人内心深沉的悲痛，也表现了作者对明王朝的眷恋之情。
历朝历代都不乏咏秣陵之作，但大都以历史的旁观者身份进行创作。有的是总结教训，指出险不足恃，如刘禹锡《金陵怀古》诗：“兴废由人事，山川空地形”；有的是叹息世事如梦，如韦庄《台城》诗：“江雨霏霏江草齐，六朝如梦鸟空啼。”此诗则不然。作为明室遗民，屈大均直接目睹和经历了改朝换代的历史变迁。这种天翻地覆的变化，对一位有爱国思想的诗人来说，是不堪忍受的。因此，诗人不是把自己作为历史的旁观者，而是以历史变迁中的受屈辱者的身份，写个人切肤之痛，故情真意切，感人良深。
此诗以写南京为帝王之都始，而以哀叹一个朝代接一个朝代的帝王覆亡终。其写法上最大的特点，是把写景、怀古和抒情融为一体，而于怀古之中又暗藏伤今之绪，亦怀古亦伤今。无论是写景、叙事、抒情，均寓有深层的意蕴，却又浑然无迹，藏而不露，使诗增添了无限的情韵。
此诗共十句。首二句“依然临江渚，长望倚河津”是一幅目送朋友风帆逝去的远望图。“依然”是依恋，可以从中看出诗人内心是何等懊丧。从“长望”的凝神注目中能够窥见其情绪的起伏，有如这眼前的江水翻滚不已！
“鼓声随听绝”以下六句可分为两个层次，也可以把它看成两个镜头。第一层次“鼓声随听绝，帆势与云邻”两句是电影长镜头中的远景，写船已经远去的情状。友人开船时的打鼓声已在江空中绝响，而去帆也如脱弦之箭到了很远的江际，似乎已经与云为邻。这两句都是写诗人注目的那个远去所在。
紧接着的四句是第二层，可以看作近乎特写的近镜头。诗人回过头来写自己身边的情景，也就是朋友刚才离去的那个地方。“泊处空余鸟，离亭已散人”，这个泊处是朋友离船所泊之处，离亭是朋友离去前曾经逗留过的亭子。诗人所以特别注目，或许是因为没有来得及送别友人，因而对与友人刚刚驻足的地方产生情感上的牵连和迁移，其中有睹物思人的意味。泊处已空，只剩有飞鸟在盘旋往还，飞鸟是不领会诗人的离别之苦的，依旧追逐嬉戏，这就更加撩拨了诗人的惜别之情。离亭依旧存在，人却已散去，物是人非，徒增感慨。诗人写鸟亭的实有，更反衬出泊处的空寂和朋友之间的散落。下二句“林寒正下叶，钓晚欲收纶”仍是承上二句，说的是天气寒冷而树木纷纷落叶，时正向晚而钓者也要收起钓丝返家。这里对选取入诗的景即诗人的眼中景是颇具匠心的。林寒叶下，钓晚收纶正渲染出诗人独立苍茫、凄苦无着的情绪和氛围，景的色调灰暗，从中可窥出诗人心中的悲凉。这里树叶的纷纷落下象征着朋友的孤帆远去、萍水飘泊，钓晚收纶暗示着诗人即将怏怏归去。这种诗歌欣赏的二重境界基于作者创造的第一重境界，这样才可以在欣赏、接受的过程中开拓出新的艺术天地。
最后二句是说朋友已去江汉而自己却返归城曲。“如何相背远”，诗的语气平淡朴素，其中深深透露出无可奈何的情调。这样写自己归来的情状于全诗而言，一是对江津送友不及情状的续写，更可见出诗人对朋友思念之深、之切；二是整个诗篇也更浑然一体，而且情意不绝，余音袅袅，更加显得深厚蕴藉。
“百病从中来，悟罢本谁病”，按照佛学的“万法唯心”“境由心生”的观点，人的得病首先是由心得病而产生的，心在人体的“正中”，故百病从中而来。如果参透了这个道理，就知道治病该先治心。
“西风将小雨，凉入居士径”，既有佛学上的大彻大悟，再加上一阵西风带着小雨，使居士的周围更加清凉。心病好了，身病也会慢慢好起来。
“苦竹晓莲塘”，莲是佛教崇敬的一种花，按《大日经疏》卷十五所说，它是一种吉祥清净，能愉悦众心的象征，因此黄庭坚紧接说“自悦鱼鸟性”，这是从常建的“山光悦鸟性，潭影空人心”（《题破山寺后禅院》）那里学来的。
“红妆倚翠盖，不点禅心净”，用的是维摩诘问疾、天女散花的故事。黄庭坚在病时常以维摩诘自居，如他在《病起荆江亭即事》组诗中自称是“翰墨场中老伏波，菩提坊里病维摩”，“维摩老子五十七，大圣天子初立年”。这首诗也是咏病，用维摩问疾的故事是非常自然的。黄庭坚以这个故事说明自己学佛有得，虽有红妆之艳，紧倚翠盖，也不能使自己的禅心受到点染，因而大彻大悟，战胜了疾病。这首诗虽用了佛学典故，但由于黄庭坚善于锻句，善于“以俗为雅，以故为新”，用了非常形象的“西风”“小雨”“苦竹”“莲塘”“红妆”“翠盖”等最常见的词汇去烘托，因而融深奥晦涩的禅理于浅显易明的境界之中，丝毫不显得艰深难懂，这显示出黄庭坚艺术手法的高超。结构上，李淼称这首诗“首尾照应，结构严谨”，的确是点出了它的特色。
