这首诗写频频飞入草堂书斋里的燕子扰人的情景。首句说茅斋的极度低矮狭窄，“熟知”，乃就燕子言。连江上的燕子都非常熟悉这茅斋的低小，大概是更宜于筑巢吧！所以第二句接着说“故来频”。燕子频频而来，自然要引起主人的烦恼。三、四两句就细致地描写了燕子在层内的活动：筑巢衔泥点污了琴书不算，还要追捕飞虫甚至碰着了人。诗人以明白如话的口语，作了细腻生动的刻画，给人以亲切逼真的实感；而且透过实感，使人联想到这低小的茅斋，由于江燕的频频进扰，使主人也难以容身了。从而写出了草堂困居，诗人心境诸多烦扰的情态。明代王嗣《杜臆》就此诗云：“远客孤居，一时遭遇，多有不可人意者。”这种不可人意，还是由客愁生发，借燕子引出禽鸟亦若欺人的感慨。
王夫之在《姜斋诗话》中说：“情景名为二，而实不可离。神于诗者，妙合无垠。巧者则有情中景，景中情”。杜甫这首诗也是善于景中含情的一例。全诗俱从茅斋江燕着笔，三、四两句更是描写燕子动作的景语，就在这“点污琴书”、“打着人”的精细描写中，包蕴着远客孤居的诸多烦扰和心绪不宁的神情，体物缘情，神物妙合。“不可人意”的心情，诗句中虽不著一字，却全都在景物描绘中表现出来了。全诗富有韵味，耐人咀嚼。
这首诗景中含情。诗人从燕子落笔，细腻逼真地描写了它们频频飞入草堂书斋，“点污琴书”、“打着人”等活动。这些描写既凸现了燕子的可爱之态，又生动传神地表现出燕子对草堂书斋的喜爱，以及对诗人的亲昵。全诗洋溢着浓厚的生活气息，给人自然、亲切之感，同时也透露出诗人在草堂安定生活的喜悦和悠闲之情。
这首诗的主旨也可以理解为诗人通过对燕子频频飞入草堂书斋扰人情景的生动描写，借燕子引出禽鸟也好像欺负人的感慨，表现出诗人远客孤居的诸多烦恼和心绪不宁的神情。
诗首联用《世说新语》中过江诸人的典故，说自己今天再也没想到会和当年过江诸人一样，作楚囚相对，为国家沦丧而伤心，但对挽救国家命运却拿不出什么办法来。诗既表现自己对现状及前景的哀怨愤慨，也因己及人，感叹朝中大臣也都个个束手无策。诗用“真成”、“遂无”加重语气，流露出极大的无奈。
次联由国事的伤感转到自己的处境，在格调上与前保持一致。诗用了两个比喻，一说自己像盘旋绕枝的乌鹊，用曹操《短歌行》“月明星稀，乌鹊南飞。绕树三匝，无枝可依”句意，写自己颠沛流离，无处栖托，表示惆怅与不平。一说自己像不会筑巢的鸟儿，用鸠不会营巢的典故，自叹无能，没法为自己谋个安乐窝，对中原沦陷后，由于自己不善逢迎，没人援引，从而生活困难表示不满。两句都用鸟的典故，为诗家忌讳，但曾几因为用得很活，密切自己“寓居吴兴”的感受，所以没有粗疏谫劣之病。
第三联直承首联，写忧国之情。过江诸人对泣新亭，叹神州陆沉，是往事，也是眼前的实事。第一联写了无力挽回国家倾覆的命运，这联直写国家沦亡后的状况。如今江北江南，音讯断绝，成了两个世界，眼前的秋风秋雨，是何等的凄清，自己又怎能长久淹留这里呢？秋风秋雨，既可看作实事，表现自己悲秋的愁闷，也可看作国家的象征，这番萧杀的状况，正同眼前国家面临的局势，怎能不使人忧虑万分、感慨系之呢？这一联格调轻快，在流动婉转中包含沉重的感伤。这样造语，显得情深意长，是曾几诗的特长，也是他最喜欢用的句型，如他在《发宜兴》的第三联也这样写：“观山观水都废食，听风听雨不妨眠。”直接学黄庭坚名句“春风春雨花经眼，江北江南水拍天”（《次元明韵寄子由》）。由此可见曾几对江西诗派的继承关系。
尾联宕开一层。国事如此，家事如此，自己又漂泊落魄如此，诗人不由得徘徊低迷，心怀郁郁。想要依靠某个有权势的人，如王粲投靠刘表一样，获得暂时的安定，也是梦想，他放眼遥天，只见到夕阳西下，孤云飘浮，不觉油然而生愁意。“落日孤云”在这里是写景，也是诗人的自我写照，他感到自己正像黄昏中飘浮的一朵云彩，不知何处是归宿。这样一结语意双关，余情不尽。