《孔子世家赞》开篇借用《诗经·车舝》里的两句诗，云：巍峨的高山可以仰望，宽广的大道可以行走。自己虽然不能到达那里，但心中对它却充满向往。——使人可望而不可即，这是太史公对孔子的总体评价。这种评价，很容易使人想起颜回、子贡等人对孔子的看法。颜回曾经感慨：“仰之弥高，钻之弥坚；瞻之在前，忽焉在后。”子贡则说：其他贤人仅如丘岭，而孔子则如日、月，世人无法逾越。夫子仿佛数仞宫墙，不得其门而入，则无以发现其内部的富丽和华美。非深知孔子，不能有此种决断。
赞语又云：“余读孔氏书，想见其为人。”对于司马迁来说，读孔子书即如面对孔子本人。读其谈坟羊、楛矢，可以见其渊博；读其意欲“浴乎沂，风乎舞雩，咏而归”，可以见其风雅；读其“以不义之富且贵为天边之浮云”，可以见其闲淡；读其“席不正，不坐”、“割不正，不食”，可以见其整饬赞语用一个“读”字、一个“想”字，传达出作者对孔子人格的深深憧憬。“读”乃是投入地读，“想”乃是深情地想。尽管从时间上说，司马迁与孔子相差几百年，但从精神上说，司马迁与孔子之间却似乎没有丝毫间隔。司马迁尝云：自周公卒，五百岁而有孔子；自孔子卒，至今又五百岁矣。司马迁似乎认定要做孔子第二。他创作《史记》五十余万言，其本意正在于继承孔子之《春秋》赞语接下来说：“适鲁，观仲尼庙堂、车服、礼器，诸生以时习礼其家。余低回留之，不能去云。”仲尼虽逝，然其遗物依然，其遗教犹在司马迁面对这一切，恍若重逢故人，不忍离去。一“低回留之”，一“不能去云”，写出了作者眷眷的深情。
然而，生死是最最真实的问题，人鬼殊途是最最真实的分离。孔子那“太山坏乎，梁柱摧乎，哲人萎乎”的悲歌，早已成为司马迁深志不忘的绝响司马迁意识到：恰恰是一个人在后世影响的大小，增损着其生命本身的意义。天下君王、贤人众矣，他们生前的荣耀与其自身的生命一起完结；孔子身为平民百姓，可其思想学说在后世却一直广为流传，从天子王侯到其他所有研究六经的人，都以孔子的学说为准则。正是在这种意义上，司马迁给孔子无以复加的赞誉，即孔子“可谓至圣矣”。
赞语开篇以总评揭出自己对孔子的无限景仰；继而从遗书、遗物、遗教三个方面，极言自己对孔子的向往；结篇再以总评写自己对孔子的崇奉。前一总评，主要是立足于孔子与作者自身的比照，主要从作者自身的感情落笔，因此显得亲切；后一总评，主要是立足于孔子与天子、王侯以及后世儒家学者的比照，主要从孔子的历史影响着墨，因此显得得体。二者相互映衬，而各有韵味。另外，赞语第一层主要是描写，第二层主要是叙事，第三层主要是议论。但描写含情，叙事含情，议论亦含情。读之，觉字里行间，深情无限。
“乱世英雄起四方，有枪就是草头王”，正是中国封建社会动乱年代的生动写照。公元881年（唐僖宗中和元年），黄巢起义军占领长安，銮舆西迁。各地地方军阀、地主武装拥兵自重并趁乱抢夺财物，迫害人民，到处发生着流血恐怖事件。在这些“乱世英雄”心中，天理，王法，朝廷命官等，全都不算回事。韦庄《秦妇吟》就写过官军的纵暴：“自从洛下屯师旅，日夜巡兵入村坞。匣中秋水拔青蛇，旗上高风吹白虎。入门下马若旋风，罄室倾囊如卷土。”而当年杜荀鹤旅途停舟于池州（今安徽贵池。唐时一称秋浦郡），遇郡中发生兵变，郡守被乱军逐出，恐怖覆盖秋浦。诗人目睹这一切，忧心如焚。“诗可以怨”，或者说“愤怒出诗人”。他写了这篇《旅泊遇郡中叛乱示同志》，留下了宝贵的历史见证。
“握手相看谁敢言，军家刀剑在腰边。”诗人落笔就描绘了郡中叛乱后的恐怖世相。人们握手相看，道路以目，敢怒而不敢言，这是一种极不正常、极为压抑的情况。对于它的原因，只轻轻一点：“军家刀剑在腰边”，“在腰边”三字极妙，暴力镇压的威慑，不待刀剑出鞘，已足以使人侧目。乱军的跋扈，百姓的恐慌，诗人的不安，尽在不言之中。这种开门见山的作法，使人感到这诗不是写出来的，而是按捺不住的激发。
“徧（遍）搜宝货无藏处，乱杀平人不怕天。”二句承上“军家刀剑”，直书乱兵暴行。他们杀人越货，全是强盗的行为。其实强盗还害惧王法，还不敢如此明火执杖，肆无忌惮。“平人”即平民（避太宗名讳改“民”为“人”），良民，岂能杀？更岂能乱杀？“杀”字前着一“乱”字，则突出行凶者面目的狰狞，罪行的令人发指。“不怕天”三字亦妙，它深刻地写出随着封建秩序的破坏，人的思想、伦常观念也混乱了。正常时期不怕王法的人，也应怕天诛。但天子威风扫地的末世，天的权威也动摇了，恶人更成“和尚打伞”，为所欲为。
更有甚者：“古寺拆为修寨木，荒坟开作甃城砖”（甃音zhòu，用砖砌造），拆寺敞坟，在平时会被视为极大的罪孽，恶在不赦，此时却发生在青天白日下。战争造成大破坏，于此也可见一斑，参阅以《秦妇吟》“采樵斫尽杏园花，修寨诛残御沟柳”，尤觉真切。诗人通过搜宝货、杀平人、拆古寺、开荒坟等时事，生动地表现了满目疮痍的社会情况，同时也表现了对乱军暴行的咬牙切齿。
现实很残酷，问题很多，然而诗人不知道应该怎么办。他也老老实实承认了这一点：“郡侯逐出浑闲事，正值銮舆幸蜀年。”这像是无可奈何的叹息，带着九分伤心和一分幽默：这种局面，连一方“诸侯”的刺史都毫无办法。不但无法，他还自身难保，让“刀剑在腰边”的乱军轻易地撵了，全不当回事儿。不但郡守如此，皇帝老官也自身难保，被黄巢、尚让们赶出长安，也全不算回事了。“銮舆幸蜀”，不过是好听一点的说就而已。诗末的潜台词是：如今皇帝蒙尘，郡守被赶，四海滔滔，国无宁日。你我同仁空怀忧国忧民之诚，奈何无力可去补苍天。只好写下这一页痛史，留与后人评说吧。