这是一首性质类似无题的有题诗。意境扑朔迷离，托寓似有似无，比有些无题诗更费猜详。题内的“圣女祠”，或以为实指陈仓（今陕西宝鸡市东）的圣女神祠，或以为托喻女道士居住的道观。后一种说法可能比较接近实际。不过，诗中直接歌咏的还是一位“上清沦谪”的“圣女”以及她所居住的环境—圣女祠。因此，读者首先仍不妨从诗人所描绘的直接形象入手来理解诗意。
古代有不少关于天上神女谪降人间的传说，因此诗人很自然地由眼前这座幽寂的圣女祠生出类似的联想。“白石岩扉碧藓滋，上清沦谪得归迟。”—圣女祠前用白石建造的门扉旁已经长满了碧绿的苔藓，看来这位从上清洞府谪降到下界的圣女沦落在尘世已经很久了。首句写祠前即目所见，从“白石”、“碧藓”相映的景色中勾画出圣女所居的清幽寂寥，暗透其“上清沦谪”的身份和幽洁清丽的风神气质；门前碧藓滋生，暗示幽居独处，久无人迹，微逗“梦雨”一联，同时也暗寓“归迟”之意。次句是即目所见而引起的联想，正面揭出全篇主意。“沦谪得归迟”，是说沦谪下界，迟迟未能回归天上。
颔联从门前进而扩展到对整个圣女祠环境气氛的描绘—“一春梦雨常飘瓦，尽日灵风不满旗。”如丝春雨，悄然飘洒在屋瓦上，迷蒙飘忽，如梦似幻；习习灵风，轻轻吹拂着檐角的神旗，始终未能使它高高扬起。诗人所看到的，自然只是一段时间内的景象。但由于细雨轻风连绵不断的态势所造成的印象，竟仿佛感到它们“一春”常飘、“尽日”轻扬了。眼前的实景中融入了想象的成分，意境便显得更加悠远，诗人凝望时沉思冥想之状也就如在目前。单就写景状物来说，这一联已经极富神韵，有画笔难到之妙。不过，它更出色的地方恐怕还是意境的朦胧缥缈，能给人以丰富的联想与暗示。王若虚《滹南诗话》引萧闲语云：“盖雨之至细若有若无者，谓之梦。”这梦一般的细雨，本来就已经给人一种虚无缥缈、朦胧迷幻之感，再加上高唐神女朝云暮雨的故实，又赋予“梦雨”以爱情的暗示，因此，这“一春梦雨常飘瓦”的景象便不单纯是一种气氛渲染，而是多少带上了比兴象征的意味。它令人联想到，这位幽居独处、沦谪未归的圣女仿佛在爱情上有某种朦胧的期待和希望，而这种期待和希望又总是象梦一样的飘忽、渺茫。同样地，当读者们联系“何处西南待好风”（《无题二首》之一）、“安得好风吹汝来”（《留赠畏之》）一类诗句来细加体味，也会隐隐约约感到“尽日灵风不满旗”的描写中暗透出一种好风不满的遗憾和无所依托的幽怨。这种由缥缈之景、朦胧之情所融合成的幽渺迷蒙之境，极富象外之致，却又带有不确定的性质，略可意会，而难以言传。这是一种典型的朦胧美。尽管它不免给人以雾里看花之感，但对于诗人所要表现的特殊对象—一位本身就带有虚无缥缈气息的“圣女”来说，却又有其特具的和谐与适应。“神女生涯原是梦”（《无题二首》之二）。这梦一般的身姿面影、身世遭遇，梦一般的爱情期待和心灵叹息，似乎正需要这梦一样的氛围来表现。
颈联又由“沦谪”不归、幽寂无托的“圣女”，联想到处境与之不同的两位仙女。道书上说，萼绿华年约二十，上下青衣，颜色绝整，于晋穆帝升平三年夜降羊权家，从此经常往来，后授权尸解药引其升仙。杜兰香本是渔父在湘江岸边收养的弃婴，长大后有青童自天而降，携其升天而去。临上天时兰香对渔父说：“我仙女也，有过谪人间，今去矣。”来无定所，踪迹飘忽不定，说明并非“沦谪”尘世，困守一地；去未移时，说明终归仙界，而不同于圣女之迟迟未归。颔、颈两联，一用烘托，一用反衬，将“圣女”沦谪不归、长守幽寂之境的身世遭遇从不同的侧面成功地表现出来了。
“玉郎会此通仙籍，忆向天阶问紫芝。”玉郎，是天上掌管神仙名册的仙官。通仙籍，指登仙界的资格（古称登第入仕为通籍）。尾联又从圣女眼前沦谪不归的处境转想她从前的情况，“忆”字贯通上下两句。意思是说，遥想从前，职掌仙籍的玉郎仙官曾经与圣女相会，帮助她登上仙界，那时的圣女曾在天宫的台阶上采取紫芝，过着悠闲自在的仙界生活，而此时却沦谪尘世，凄寂无托，不能不慨然。一结以“忆”字唤起今昔之感，不言而黯然神伤。“天阶问紫芝”与“岩扉碧藓滋”正构成天上人间的鲜明对照。
这首诗成功地塑造了一位沦谪不归、幽居无托的圣女形象。有的研究者认为诗人是托圣女以自寓，有的则认为是托圣女以写女冠。实际上圣女、女冠、作者，不妨说是三位而一体：明赋圣女，实咏女冠，而诗人自己的“沦谪归迟”之情也就借圣女形象隐隐传出。所谓“圣女祠”，大约就是女道观的异名，这从七律《圣女祠》中看得相当清楚。所不同的，只是《圣女祠》借咏圣女而寄作者爱情方面的幽渺之思，而《重过圣女祠》则借咏圣女而寄其身世沉沦之慨罢了。清人钱泳评“梦雨”一联道：“作缥缈幽冥之语，而气息自沉，故非鬼派”（《履园谭诗》）。由于其中融合了诗人自己遇合如梦、无所依托的人生体验，诗歌的意境才能在缥缈中显出沉郁。尾联在回顾往昔中所透露的人间天上之感，也隐然有诗人的今昔之感寄寓在里面。
贾岛以“幽奇寒僻”的风格著称，这一首羁旅诗充分体现了他的创作特色。
起句从听觉形象写起。一个秋天的黄昏，诗人路过一座山村，远远便闻到山涧的潺潺流水声：“数里闻寒水”。在“数里”的范围内能清晰地听到细微的水声，可见山区的寂静凄冷。而映在眼帘的是稀稀落落的人家──“山家少四邻”。这一听觉形象和视觉形象相互衬托，生动地渲染出山村的萧索而冷落的氛围。首联点题，作者用淡墨勾勒出一幅荒凉的山村远景。
颔联，重点描摹山区萧瑟阴森的景象：“怪禽啼旷野，落日恐行人。”“怪禽”大概是鸱鸮一类的鸟。这种怪禽在荒漠凄寂的旷野上鸣叫，本来就令人闻而惊惶不安；刚好又碰上夕阳下山，山区渐渐暗黑下来，孤单的行人此时此刻自然更加感到不寒而栗。这两句诗写声写色，声色均骇人听闻。诗的境界幽深险僻，自是贾岛本色。
诗人从数里外的旷野走向山村，一路行来，时间不知不觉地过去，夜幕悄悄地拉开。颈联转写夜景：“初月未终夕，边烽不过秦。”边烽，指边境的烽火。唐代边烽有两种：一种是报边境有事的紧急烽火，一种是报平安的烽火。秦，指今陕西南部一带。这两句的意思是说，初升的月亮高悬天空，烽火点燃起来，没有越过秦地，表明这一地区平安无事，山区更显得阒静，安谧。这时候诗人逐渐走近山庄。
尾联即写接近山村时的喜悦感受：“萧条桑柘外，烟火渐相亲。”诗人经过萧疏荒凉的山区旷野，终于隐隐约约地看到山村人家宅边常种的桑树柘树和茅舍上升起的袅袅轻烟，内心不禁感到无比的温暖与亲切，先前的惊惧心情渐渐平静下来，转而产生一种欢欣喜悦的感情。结句“烟火渐相亲”，写得极富生活情趣与韵味。诗人对生活的感受相当敏锐，体验深刻，又着意炼句，因此，诗里的心理刻画也显得细致入微而耐人寻味。
这样，诗的格局便显得有波澜，有开阖，寓变化多样于章法井然之中。
诗的形象写得险怪寒瘦，境界幽深奇异，在中唐诗歌中确实别具一格。明胡应麟推崇“浪仙之幽奇”为“五言独造”（《诗薮·内编》卷四）。从风格这一角度上看，这一评语也说得中肯。
本诗用“夜归”统摄全篇，应把握时令是“夜”和事件是“归”，因此要找出“夜”中的意象，和“归”中意境。既然已“夜深”了，还要归家，那么思家怀乡之切自不必说；“竹窗斜漏补衣灯”，这是游子（夜行人）快至家门时所见，夜已深了，家里还亮着“补衣灯”，家中亲人对游子的关切和思念之情，扑面而来。
一开篇“夜深归客”四字，点明了诗题“夜归”。为什么要连夜赶回去呢？诗中没有交代，但是联系以下几句，读者可以想象，大约是一位出门已久的游子，思家心切，到了归途的最后一段路程，便不愿在投宿多耽搁一夜，而宁愿日夜兼程，摸黑赶路，以致深夜到家。诗中撷取的正是将到未到的情景。“倚筇行”三字勾画出归客的形象。透过归客倚杖蹒跚而行的身影，可以想见深夜行路的艰难，也可以推知游子劳累的旅况和近乡情切的心理。
第二句看来是写走过村外野地的情景：田野里的土埂子上，影影绰绰的鬼火、星星点点的流萤。通过深夜荒径冷气森森、幽光闪烁的环境，烘托出归客孤身夜行的凄凉，也反衬出归客不顾一切、急切回家的心境。途中越是阴冷，就越是令人急于早点回到温暖的家中。
第三句写终于进村了，首先看到的村店。在昏暗的月色衬托下， 村店显得寂静而冷漠，但在归客的眼中，家乡的村店却给深夜的荒野带来了生机，一种家在咫尺的亲切感油然而生。转过村店，不就快到家了？“泥径滑”三字，正是写归客脚下加快步伐，因而更感觉到路滑难行。他就在这一步一滑中，匆匆转过村店，越走越近盼望已久的家门。
随着画面的延伸，一幅充满亲情的图景展现在归客眼前——“竹窗斜漏补衣灯”。这是多么的出人意外！夜那么深了四周黑黝黝的，全村都人睡了，可是唯独自家竹窗还透出灯火，隐约可见灯下补衣的身影。啊，那不是他所思念、温暖的家吗？此刻那熟悉的身影强烈叩击着归客的心扉。